用于科学分子动力学模型的3D可视化软件

Question

我正在编写一个可视化分子动力学实验的程序。输入将是每个时间步中每个原子位置的文件。将会有〜10万个原子和〜500个时步。原子将被表示为球体。原子之间的连接将由圆柱表示。

下面是一些程序要求（按重要性排序）：

1. 的移动能力，旋转和缩放来改变图像
2. 能力，使电影从不同的时间步长的位置选择与创建GUI
3. 易于安装在Mac，Windows和Linux的鼠标
4. 能力的原子
5. 能力。

谁能推荐一个语言，可视化库或方法来处理这个？任何其他的想法也将不胜感激。

Answer 1

嗯，我觉得球会过于重叠的10万个原子 - 你会看到只有边缘。所以，我建议使用“粗体”的点来表示原子和线的连接 - 它会更快，并且可以看到更多细节。

在形式上，MathGL（GPL绘制库）和它的前端UDAV满足所有你的要求。但是，我不确定抽取100k球体和气瓶的速度会很快。

Answer 2

我建议考虑ParaView;你需要做的是将所有相关数据以VTK的格式保存（该库有这个功能），你就完成了。它具有出色的后处理功能（如着色，透明颗粒，动画）并经过了充分测试。

如果这对你来说似乎不够灵活，我有一些c++ lib QGLViewer的经验（不要被.com弄糊涂，它是免费的并且是跨平台的）。你需要自己编写粒子的OpenGL代码，这很容易。

这么说，我知道有几个“场景图引擎”，它可以帮助你大大也许，但我认为对方会上，更好的评论，因为我从来没有使用过。

FYI this movie是用Paraview完成的（当然你会发现更多的例子），而stuff here来自OpenGL和QGLViewer。