我想用JAGS来推断(随机)纯出生过程中的出生率。使用JAGS纯粹的出生过程推断
在化学的语言,这种模式是相当于反应:X-> 2X与速率的α* X(也可以被看作是一个链式反应的模型)
这是R代码我用于生成过程(在固定时间)以及用于对参数α进行推断的锯齿代码。
library(rjags)
y <- 1; # Starting number of "individuals"
N <- 25 # number of time samplings
alpha <- 0.2 # per-capita birth rate
# Generate the time series
for(i in 2:N) {
y<- c(y,y[i-1]+rpois(1,alpha*y[i-1]))
};
# The jags code
model_string <- "model{
for(i in 2:N) {
New[i] ~ dpois(alpha*y[i-1])
y[i] <- y[i-1] + New[i]
}
alpha ~ dunif(0, 2)
}"
# Create and run the jags model
model <- jags.model(textConnection(model_string), data = list(y = y,N = N), n.chains = 3, n.adapt= 10000)
update(model, 5000); # Burnin for 10000 samples
mcmc_samples <- coda.samples(model, variable.names=c("alpha"), n.iter=5000)
当我运行代码,我收到以下错误:
Error in jags.model(textConnection(model_string), data = list(y = y, N = N), :
RUNTIME ERROR:
Compilation error on line 4.
y[2] is a logical node and cannot be observed
我试图像把阿尔法* Y [I-1]在一个新的变量不同的东西(比如,拉姆达[我]]或更改新[i-1]的调用新[i],但没有任何工作。任何想法为什么这是失败的?另一个更聪明的方法来做到这一点?
预先感谢您。
我在其他地方找到了答案。你可以在这里阅读:https://sourceforge.net/p/mcmc-jags/discussion/610036/thread/6b159634/ –