R：For Loop复制错误

我试图从包含信息的数据库中获取坐标信息的包特定函数（Red :: records）获取物种名称给定数据框中每个物种的GPS坐标信息关于物种分布。R：For Loop复制错误

我的for循环如下构造，其中迭代是nrow（名称）和函数记录返回经/纬度坐标：

for(i in 1:iterations){ 
    gbif[i,1] <- names[i,] ## grab names 

    try(temp1 <- records(names[i,])) 
    try(temp1$scientificName <- names[i,]) 

    try(temp2 <- merge(gbif, temp1, by.x="V1", by.y="scientificName")) 
    datalist[[i]] <- temp2 
}

执行这个循环之后，我能够获得品种数据;但是，它不适合与名单合并。例如，调用记录（“Agyneta flibuscrocus”）正确返回5个唯一经纬度坐标，而调用记录（“Agyneta mongolica”）会在找到0条记录时产生错误（这对每个物种在网上检查时都有效）。

这个循环之后，我绑定所有的获得记录到一个单一的数据帧使用：

dat = do.call(rbind, datalist) ## merge all occurrence data from GBIF into 
one data frame 
dat <- unique(dat)

当我去验证这个数据帧，我得到下面的示例数据：

Agyneta flibuscrocus  -115.58400  49.72 
Agyneta flibuscrocus  -117.58400  51.299 
... 
Agyneta mongolica   -115.58400  49.72 
Agyneta mongolica   -117.58400  51.299

这些错误的复制也会在200个名称的其余部分重复。作为附注，我将所有内容都包含在try语句中，因为如果代码运行到从数据库中产生0结果的记录中，代码将不会执行。

我觉得我在这里忽略了一些非常明显的东西？

重复性的数据&代码：

install.packages("red") 
library(red) 

names = data.frame("Acantheis variatus", "Agyneta flibuscrocus", "Agyneta 
mongolica", "Alpaida alticeps", "Alpaide venilliae", "Amaurobius 
transversus", "Apochinomma nitidum") 

iterations = nrow(names) 
datalist = list() 

temp1 <- data.frame() ## temporary data frame for joining occurrence data 
from GBIF 

for(i in 1:iterations){ 
    gbif <- names[i,] ## grab name 

    try(temp1 <- records(gbif)) 
    try(temp1$V1 <- gbif) 

    datalist[[i]] <- temp1 

} 

dat = do.call(rbind, datalist)

来源

2017-10-19 Vaughn Shirey

请提供如所描述的一些示例性数据（这里）（https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example）。 –

@tobiasegli_te我的不好，感谢让我排队:) –

我适应你的脚本的某些部分，现在它似乎正常工作（与您的示例数据的功能，只有成功地检索数据的一个品种，一个被复制到你的代码中，但这不是一个编码问题）。

错误重复的主要原因是重复使用变量temp1。 try(temp1 <- records(gbif))失败，但try(temp1$V1 <- gbif)没有，因为（错误地）定义了temp1和gbif。确保循环迭代中定义的变量不会转移到下一次迭代。

iterations = nrow(myNames) 
datalist = list() 

for(i in 1:iterations){ 
    gbif <- myNames[i,] ## grab name 
    try_result <- try(records(gbif)) 
    if(class(try_result) != "try-error"){ 
     temp1 <- try_result 
     temp1$V1 <- gbif 
     datalist[[i]] <- temp1 
     rm(temp1) 
    }else{ 
     datalist[[i]] <- NA 
    } 
    rm(try_result) 
} 

dat <- do.call(rbind, datalist[!is.na(datalist)])

来源

2017-10-19 08:39:58

R：For Loop复制错误

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