在R中circlize做一个圆形图

我试图做一个类似于基因表达图的圆形图。我发现circlize包中的R能做到这一点，我试着去遵循这个http://cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/genomic_plot.pdf 在R中circlize做一个圆形图

我设法去：6.创建绘图区域

但是当我键入

circos.genomicPoints(Region, value, numeric.column = c(1,2))

我得到这个错误：

Error in get.cell.meta.data("sector.index") : 
Length of `sector.index` should only be 1.

当我键入

circos.genomicLines(Region, value, numeric.column = c(1, 2))

我得到这个错误：

Error in region[[1]] + region[[2]] : 
    non-numeric argument to binary operator

区域与205个观察和7个变量的数据帧：染色体，开始位置，结束位置，然后一些值值是与205个观测的数据帧和2个变量：这两个数值

林完全新的这种情节，所以任何帮助表示赞赏

感谢

来源

2014-09-02 user2335015

您需要提供更多的细节。到目前为止，所有事情都能正确地绘制出来吗你是否按照第6节所写的那样完成了功能？ – 2014-09-02 11:40:29

是的，到目前为止所有事情都能正常工作和绘制出来 – user2335015 2014-09-02 12:02:01

由于引用的小插图不提供'data'或'region'，（更不用说在执行提供的代码时弹出多个警告和错误），可能会有小插曲中的错误和/或您构建自己的“区域”的方式。 – 2014-09-02 14:45:35

region中的低级函数（如circos.genomicPoints或circos.genomicLines）应该是仅包含两列（起始位置和结束位置）的数据帧。由于circos.genomicPoints等功能一次只能用于一条染色体，因此没有必要将染色体信息放入region。

一个推荐的方法来调用circos.genomicPoints是主叫circos.genomicTrackPlotRegion当投入panel.fun：

bed # your data frame which is bed-file format 
circos.initializeWithIdeogram() 
circos.genomicTrackPlotRegion(bed, panel.fun = function(region, value, ...) { 
    circos.genomicPoints(region, value, ...) 
})

在上面的例子中的代码，panel.fun是将在每一个染色体被执行的自定义功能。 region和value in panel.fun是从bed提取的'当前染色体'中对应的数据帧。

如果你想通过调用circos.genomicPoints外circos.genomicTrackPlotRegion微调您的情节，你需要建立你的region和value变量，也不要忘记设置sector.index或track.index指定你想放哪条染色体和跟踪图形：

for(chr in chromosomes) { 
    region = bed[bed[[1]] == "chr", 2:3] 
    value = bed[bed[[1]] == "chr", some_column_index] 
    circos.genomicPoints(region, value, sector.index = chr, ...) 
}

来源

2014-09-02 20:17:00

顺便说一句，'genomic_plot.pdf'vignette中的一些示例代码仅用于演示，但无法执行。这是因为绘制一个基因组级别的阴谋总是需要更多的代码，如果将所有代码放在小插曲中，它看起来会很糟糕。基因组循环功能的使用与使用一般循环功能非常相似，它们背后有相同的想法。用户首先阅读主要插图（circlize.pdf）会更好。用户还可以访问[http://jokergoo.github.io/circlize/](http://jokergoo.github.io/circlize/）获取可执行示例。 – 2014-09-02 21:00:15

在R中circlize做一个圆形图

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