我目前正在尝试在计算群集上运行一些R代码,但由于群集上有一些奇怪的防火墙设置,因此无法运行install.packages
函数。由于我在R代码中仅使用了一些软件包,因此我希望通过手动下载和安装软件包来避免使用install.packages
函数。在R中手动下载和安装软件包
注意:我知道有一种方法可以通过使用R代理中描述的HTTP代理来避免此问题。不幸的是,我的集群负责人没有帮助设置这个,所以我不得不考虑这种替代方法。
理想情况下,我想从CRAN下载软件包文件到我的电脑,然后将这些文件上传到集群并使用R中的适当命令安装它们。此外,我还想确保软件包安装到我选择的位置,因为我没有在默认R目录中“写入”的权限(我相信我可以通过使用.libPaths
函数在R内完成此操作)
最后,我在集群上工作的是Unix x86_64。
这样做肯定可行,'install.packages'函数将接受NULL存储库参数。 – 2013-02-11 06:04:56
太棒了!我根本没有意识到这一点。只是为了确认下面的代码段应该工作,对吗? 'install.packages(pkgs = MyListofTARGZFiles,repos = NULL,lib = MyLibraryDirectory)' – 2013-02-11 06:09:12
不确定形式主义是否可行,假设它真的是一个列表。第一个参数需要是一个字符向量。 – 2013-02-11 06:13:50