[R计算堆土机距离大型栅格

2016-07-23 65 views 0 likes

我试图让两个光栅之间的（DIS）的相似性与emd2d的定量估计（从emdist库版本。0.3-1）。下面的代码运行于小矩阵（〜35x35），但我的栅格大得多（〜5000x3000）和我得到一个存储器错误：[R计算堆土机距离大型栅格

错误EMDR（A，B，DIST = DIST。 ..）：
无法在emdist

这里存储（-1608.8 MB）是一个示例代码来说明问题：

#test case: 
library(emdist) 
Rows = 40 
Cols = 40 
Mat1 = matrix( 
     seq(1,Rows*Cols), 
     nrow = Rows, 
     ncol = Cols) 

m0 <- matrix(0, Rows, Cols) 
Mat_Rand = apply(m0, c(1,2), function(x) rnorm(1)) #sample(c(0,1),1)) 
Mat2 = Mat1 * Mat_Rand 

emd2d(Mat1,Mat2,dist="euclidean")

我对运行中的RR版本3.2.5 win7 64bit。

由于

Ilik

来源

2016-07-23 Ilik

请注明什么问题？你可能用完了内存。 – shayaa

回答

要绕过的存储器限制，可以采取矩阵的样品，例如随机选择每行40行中的30个和每行40行中的30个，以形成一个新的矩阵，从而将配对从100多万减少到不到50万。

seed.set(1234) 
row.rand = sample(1:40, 30) 
col.rand = sample(1:40, 30) 
Mat1.new = matrix(NA, 30,30) 
Mat2.new = matrix(NA, 30,30) 
for(i in 1:length(row.rand)){ 
    for(j in 1:length(col.rand)){ 
     Mat1.new[i,j] = Mat1[row.rand[i],col.rand[j]] 
     Mat2.new[i,j] = Mat2[row.rand[i],col.rand[j]] 
    } 
} 
emd2d(Mat1.new, Mat2.new)

来源

2016-11-15 18:10:13

[R计算堆土机距离大型栅格

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