在cython中使用numpy：定义ndarray数据类型/ ndims

我正在尝试编写一些用numpy数组进行计算的cython代码。 Cython似乎不喜欢所有我见过的用于定义数据类型和维数的例子中使用的[]。在cython中使用numpy：定义ndarray数据类型/ ndims

例如，我有一个文件test.pyx：

cimport numpy as np 
import numpy as np 

ctypedef np.ndarray[np.float64_t, ndim=2] mymatrix 

cpdef mymatrix hat (mymatrix x): 
    a = np.zeros((3,3)); 
    a[0,1] = x[2,0]; 
    a[0,2] = -x[1,0]; 
    a[1,2] = x[0,0]; 
    a[1,0] = -x[2,0]; 
    a[2,0] = x[1,0]; 
    a[2,1] = -x[0,0]; 
    return a;

我此使用setup.py（参见后结束）编译，我与“蟒setup.py build_ext --inplace运行“

我得到以下输出：

running build_ext 
cythoning test.pyx to test.c 

Error converting Pyrex file to C: 
------------------------------------------------------------ 
... 
cimport numpy as np 
import numpy as np 

ctypedef np.ndarray[np.float64_t, ndim=2] mymatrix 
             ^
------------------------------------------------------------ 

test.pyx:4:42: Syntax error in ctypedef statement 

<snip, irrelevant>

而如果删除了 ”[np.float64_t，NDIM = 2]“ 的一部分，它工作正常。

有没有人有任何想法？

至于我的系统设置：操作系统：Windows XP

充分，完整pythonxy安装，版本2.6.5.1（最新的在这一点上）

pythonxy理应带有用Cython，但我最终安装用Cython版本0.12.1为Python 2.6从此站点：http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#cython

我怀疑，我不知是缺少路径或东西：我解决了明确添加numpy的头文件目录由MinGW的使用的包括路径的一些问题（见下面的setup.py文件）

这里是setup.py文件我提到：

from distutils.core import setup 
from distutils.extension import Extension 
from distutils.sysconfig import get_python_inc 
from Cython.Distutils import build_ext 
import os.path 

inc_base = get_python_inc(plat_specific=1); 
incdir = os.path.join(get_python_inc(plat_specific=1),); 

#libraries=['math'], 
ext_modules = [Extension("test", 
["test.pyx"], 
include_dirs = [ 
    os.path.join(inc_base,'..\\Lib\\site-packages\\numpy\\core\\include\\numpy'), 
    ] 
) 
] 

setup(
    name = 'test', 
    cmdclass = {'build_ext': build_ext}, 
    ext_modules = ext_modules 
)

来源

2010-07-31 stochastic

你什么意思，'而如果我删除“[np.float64_t，NDIM = 2 ]“部分，它工作正常。”？你只是用np.ndarray [np.float64_t，ndim = 2'替换'mymatrix'发生的两个地方？ – 2010-08-07 06:02:53

我不认为你可以使用ctypedef的缓冲接口。你必须每次使用cdef来声明它。 – carl 2010-08-16 10:07:15

放入函数的声明类型的信息，如：

def hat (ndarray[np.float64_t, ndim=2] x): 
    a = np.zeros((3,3)); 
    a[0,1] = x[2,0]; 
    etc.

来源

2010-12-12 16:09:53

我认为你不能直接做到这一点：你必须检查的形状和类型的功能

assert x.shape[0] == 2 
assert x.dtype == np.float64

只有cdeftype np.ndarray mymatrix在标题

但是你失去了矩阵值的打字你因此必须分配你处理的每个值到float64_t：但是应该是什么效率？

路易

来源

2010-11-26 09:28:11 Louis

在cython中使用numpy：定义ndarray数据类型/ ndims

回答

相关问题