转换4D .nii文件，png格式

我有一个4D .nii文件就像从 “filtered_func_data.nii”：https://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data]转换4D .nii文件，png格式

通过加载数据和访问IMG场：

S = load_nii('filtered_func_data.nii') 
S = 

     hdr: [1x1 struct] 
    filetype: 2 
fileprefix: 'filtered_func_data' 
    machine: 'ieee-be' 
     img: [4-D int16] 
    original: [1x1 struct] 

A = S.img

与尺寸：

size(A)

答案=

64 64 21 180

因此，数据由深度/切片数量为21，帧数为180的64x64图像组成。有人可以帮助我将此.nii数据转换为21 * 180 = 3780 png图像，大小为64 * 64？另外，我想删除每个时间过程的最后10个切片。

来源

2017-08-03 user1603454

首先，你可以像这样通过indexing the array删除最后一个10个的图像体积：

A = A(:, :, :, 1:170);

你还需要将数据转由16-bit signed integers到16-bit unsigned integers，因为int16不支持PNG文件（作为评论中显示的错误消息）。我对这样的医学图像的经验是，绝大多数图像数据位于正范围，有一些虚假的负像素值，所以你可能会罚款只是将负值清零并转换为unsigned integer（你可能想看看你的像素值的直方图，可以肯定的）：

A = uint16(A); % Convert to unsigned, zeroing out negative values

现在，当你创建你所有的PNG图片，你可能会想生成具有切片和时间的文件名它的指标，所以你可以识别和排序他们更容易。你也可以遍历每64由-64图像，使用sprintf生成一个文件名，并使用imwrite创造像这样的形象：

[nRows, nCols, nSlices, nTimes] = size(A); 
for iSlice = 1:nSlices 
    for iTime = 1:nTimes 
    fileName = sprintf('%s_%d_%d.png', S.fileprefix, iSlice, iTime); 
    imwrite(A(:, :, iSlice, iTime), fileName); 
    end 
end

如果你想减少对你产生的文件数，您可以将每个图像体积的21个切片收集到5×5的马赛克中，从而为您提供每个时间点的一个较大的图像（320×320）。你可以这样做如下，使用cell arrays，mat2cell和cell2mat：

[nRows, nCols, nSlices, nTimes] = size(A); 
for iTime = 1:nTimes 
    C = cat(3, A(:, :, :, iTime), zeros(nRows, nCols, 4)); % Pad with 4 empty slices 
    C = mat2cell(C, nRows, nCols, ones(1, 25)); % Place each slice in a cell 
    C = cell2mat(reshape(C, 5, 5).');   % Reshape cell array and make mosaic 
    fileName = sprintf('%s_%d_.png', S.fileprefix, iTime); 
    imwrite(C, fileName); 
end

来源

2017-08-03 04:46:45 gnovice

谢谢您的回答。我试了一下，它给了我这个错误：警告：数据丢失和意外的结果可能会发生在带符号的像素数据。 > In imwrite（line 447）错误使用writepng> parseInputs（line 290）预期输入为以下类型之一：double，single，logical，uint8， uint16 而是其类型为int16。 writepng错误（第20行） [results，unmatched] = parseInputs（data，map，filename，varargin {：}）; imwrite错误（行472） feval（fmt_s.write， - 它没有创建任何PNG文件和fileName只是1 * 26矢量与一个单元格填充filtered_func_data_1_1.png – user1603454

@ user1603454：我更新了答案解决错误 – gnovice

谢谢你现在的工作:) – user1603454

转换4D .nii文件，png格式

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