防止用NetwrokX/Matplotlib重叠边缘和节点

Question

我想绘制一个问题“Collat​​z猜想”的数字，它在数字（节点标签）之间形成一个很好的网络。然而，使用networkx nx.spring_layout(G)该溶液的最终情节在我得到重叠边缘和节点：

的nx.spring_layout被配置（通过试验和错误）为：

pos=nx.spring_layout(G,k = 0.004, iterations = 500, scale = 0.6) 
nx.draw(G, labels=labels, pos=pos, font_size = 6, alpha = 0.5, node_size = nodes.values()) 
plt.show() 

是否有考虑到绘图窗口中有足够的空白空间，一种防止这种重叠的特殊方法？在这种情况下，节点大小取决于以下值：len(G.neighbors(node)) 没有节点具有多于3个邻居并且最大节点大小被限制在300以进一步防止重叠。 奇怪的是，对于较长的分支，这似乎处理得相当好，但对于像图像中的[24,12,6,3,10]这样的分支，它不能足够地划分该分支，在其他情况下它完全重叠。请告知我是否应该使用nx.spring_layout(G)之外的其他布局，这可能会更好地处理此问题。

Answer 1

接受DYZ对使用graphviz_layout()的真正有用的评论，我想我会在这里分享我的经验，以防其他人有类似的问题，因为设置这个并不是完全简单的（对我来说，至少在Ubuntu 16.04上）：

我发现sudo pip install pygraphviz没有工作，因为它找不到它需要的文件之一。然后我尝试sudo apt-get install graphviz libgraphviz-dev pkg-config，然后sudo pip install pygraphviz（感谢this suggestion），其中看起来像它的工作（即安装成功），但我仍然无法通过NetworkX使用graphviz_layout()。所以，我卸载pygraphviz（sudo pip uninstall pygraphviz），然后再次安装它，如下所示（感谢上this thread小费）：

sudo pip install pygraphviz --install-option="--include-path=/usr/include/graphviz" --install-option="--library-path=/usr/lib/graphviz/"

这并工作，并与graphviz_layout()可视化似乎有小于节点重叠使用NetworkX的spring_layout()，以及在边缘长度和群集间距方面更令人满意的方法。