2015-11-02 66 views
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我使用R中的滚动回归了很多,我的初始设置是一样的东西:为什么RcppArmadillo的fastLmPure会在输出中产生NA,但fastLm不会?

dolm <- function(x) coef(lm(x[,1] ~ x[,2] + 0, data = as.data.frame(x))) 
rollingCoef = rollapply(someData, 100, dolm) 

上面的例子完美的作品,但它是缓慢的,如果你有很多的迭代。

为了加快速度,我决定试用Rcpp包。

首先我用lm代替fastLm,结果有点快但是仍然很慢。所以这促使我尝试在循环中编写整个滚动回归的系数函数,并将它与Rcpp帮助一起整合到R中。

所以我已经改变了原来的RcppArmadillo的功能fastLm这样:

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]] 

#include <RcppArmadillo.h> 

using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 

List rollCoef(const arma::mat& X, const arma::colvec& y, double window) { 

    double cppWindow = window - 1; 
    double matRows = X.n_rows; 
    double matCols = X.n_cols - 1; 

    arma::mat coef(matRows - cppWindow, X.n_cols); // matrix for estimated coefficients 

    //for loop for rolling regression. 
    for(double i = 0 ; i < matRows - cppWindow ; i++ ) 
    { 
     coef.row(i) = arma::trans(arma::solve(X(arma::span(i,i + cppWindow), arma::span(0,matCols)) , y.rows(i,i + cppWindow))); 
    } 

    return List::create(_["coefficients"] = coef); 
} 

,比它sourceCpp(file=".../rollCoef.cpp")

下载至R所以它比rollapply快得多,它的小例子运行良好,但比我应用它大约20万观测数据它产生的NA的一半在输出,同时rollapply/fastLm组合没有产生任何。

所以在这里我需要一些帮助。我的功能有什么问题?为什么在我的函数输出中有NA,并且在rollapply/fastLm中没有NA,但是,如果我理解正确,它们都基于arma::solve?任何帮助,高度赞赏。

UPDATE
下面是可重复的代码:

require(Rcpp) 
require(RcppArmadillo) 
require(zoo) 
require(repmis) 
myData <- source_DropboxData(file = "example.csv", 
           key = "cbrmkkbssu5bn96", sep = ",", header = TRUE) 

## in order to use my custom function "rollCoef" you should download it to R. 
## The c++ code is presented above in the main question. 
## Download it where you want as "rollCoef.cpp" and then download it to R with: 

sourceCpp(file=".../rollCoeff.cpp"). # there should be your actual path. 

myCoef = rollCoef(as.matrix(myData[,2]),myData[,1],260) 

summary(unlist(myCoef)) # 80923 NA's 

dolm = function(x) coef(fastLmPure(as.matrix(x[,2]), x[,1])) 

myCoef2 = rollapply(myData, 260, dolm, by.column = FALSE) 

summary(myCoef2) # 80923 NA's 

dolm2 = function(x) coef(fastLm(x[,1] ~ x[,2] + 0, data = as.data.frame(x))) 

myCoef3 = rollapply(myData, 260, dolm2, by.column = FALSE) 

summary(myCoef3) # !!! No NA's !!! 

head(unlist(myCoef)) ; head(unlist(myCoef2)) ; head(myCoef3) 

所以我的函数的输出是相同的与rollapply结合RcppArmadillo的fastLmPure的输出和他们都产生NA的,但rollapplyfastLm没有。据我所知,例如从HEREHEREfastLm基本上调用fastLmPure,但为什么在第三种方法没有NA? fastLm有一些额外的功能可以防止我没有发现的NA?

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如何包含数据集的样本? – nrussell

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拥有MWE看看真的很不错。即使使用简单数据,我也无法让您的前两行工作 – ekstroem

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我使用代码示例更新了问题 –

回答

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整个程序包RcppRoll只能进行自定义滚动 - 您应该能够扩展它,并且它的rollit()函数也可以滚动lm()

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我知道RcppRoll并在某些情况下使用它,但自定义代码可能会更快,更不用说从编写自己的代码中获得额外的实际好处;) –

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