由scipy-cluster生成的树形图不显示

我正在使用scipy-cluster在某些数据上生成分层聚类。作为应用程序的最后一步，我称dendrogram函数来绘制聚类。我使用内置的Python 2.6.1和this matplotlib package在Mac OS X Snow Leopard上运行。该程序运行良好，但最后Rocket Ship图标（据我所知，这是python GUI应用程序的启动程序）显示并立即消失，无需执行任何操作。没有显示。如果我在通话后添加'raw_input'，它会永远在码头上下跳动。如果我从终端运行一个简单的matplotlib示例应用程序，它运行良好。有没有人有这方面的经验？由scipy-cluster生成的树形图不显示

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2010-06-03 Björn Pollex

我在Ubuntu 10.04上遇到了同样的问题。为了让显卡从IPython的交互式控制台显示，用“-pylab”开关，这使得交互使用matplotlib的启动：

ipython -pylab

为了让您的显卡到独立脚本的执行过程中显示，请使用matplotlib.pyplot.show调用。下面是hcluster主页为例，第一和最后一行是这里的显著位：

from matplotlib.pyplot import show 

from hcluster import pdist, linkage, dendrogram 
import numpy 
from numpy.random import rand 

X = rand(10,100) 
X[0:5,:] *= 2 
Y = pdist(X) 
Z = linkage(Y) 
dendrogram(Z) 

show()

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2010-09-28 10:34:50

调用IPython中与“-pylab”开关不有所作为我。（系统：Fedora 13）

虽然不是很理想，但我的解决方案是将结果数字明确写入文件。例如：

... 
dendrogram(Z) 
pylab.savefig("temp.png")

希望这有助于谁是运行到同一个问题的人。

修订：要小心使用简单的复制和粘贴与hcluster包的简短教程，特别是如果你调用pylab.savefig（）后，本教学中几种类型的树状图的，即

distMat = # whatever distance matrix you have 
dendrogram(linkage(distMat)) 
pylab.savefig("exampleDendrogram.png") 
dendrogram(linkage(distMat, method="complete")) #instead of default "single" 
pylab.savefig("exampleDendrogram.png")

然后exampleDendrogram.png将包含同一图中的单链树形图和完全链接树形图，并且它们可能会交叉并看起来像一团糟。

如果你是愚蠢的我，你会花30-180分钟混淆如何正确使用hcluster，当它实际上只是一个树状图之间的复位matplotlib的事呼吁：

distMat = # whatever distance matrix you have 
dendrogram(linkage(distMat)) 
pylab.savefig("exampleDendrogram1.png") 
pylab.cla() 
dendrogram(linkage(distMat, method="complete")) #instead of default "single" 
pylab.savefig("exampleDendrogram2.png")

现在，生成的树状图图像文件将看起来像您期望的样子。

来源

2012-01-20 02:42:38

由scipy-cluster生成的树形图不显示

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