如何从r到epacts编写ped文件

Question

是否有一个包允许我从我的R数据集中编写一个.ped文件，以便与EPACTS一起使用适当的头文件？

我不能google一下，只找到一个方法来读它

Answer 1

在网上搜索发现，有没有工具来做到这一点。您可能要考虑使用VCF格式，EPACTS似乎接受了这一点：

http://genome.sph.umich.edu/wiki/EPACTS#VCF_file_for_Genotypes

可以使用PED转换成VCF砰砰像这样：

plink --file prefix --recode vcf --out prefix 

您可能需要额外的摆弄选项得到它来生成所需的输出，见https://www.cog-genomics.org/plink2/data#recode，specfically：

The 'vcf', 'vcf-fid', and 'vcf-iid' modifiers result in production of a 
VCFv4.2 file. 'vcf-fid' and 'vcf-iid' cause family IDs and within-family IDs 
respectively to be used for the sample IDs in the last header row, while 
'vcf' merges both IDs and puts an underscore between them (in this case, a 
warning will be given if an ID already contains an underscore). 
    If the 'bgz' modifier is added, the VCF file is block-gzipped. (Gzipping 
of other --recode output files is not currently supported.) 
    The A2 allele is saved as the reference and normally flagged as not 
based on a real reference genome ('PR' INFO field value). When it is 
important for reference alleles to be correct, you'll usually also want to 
include --a2-allele and --real-ref-alleles in your command. 

Answer 2

EPACTS既需要一个VCF和PED文件作为我输入关联分析。与PLINK documentation中描述的PED文件不同，EPACTS中使用的PED文件不包含基因型数据。它的目的是保存你的表型数据和协变量，并且它需要一个扩展名以被EPACTS识别。

要将R中的数据帧导出为PED文件，您只需指定需要.ped扩展名;您可以使用以下命令：

write.table(df, filename.ped, sep="\t", row.names=F, col.names=T, quote=F) 

EPACTS还要求包含列名的标题行被注释掉。我通常只是手动执行此步骤，因为在'＃'中添加非常快，并且始终打开我的文件来检查它。或者，您可以设置col.names = F并使用一个.dat文件，如EPACTS文档中所示：https://genome.sph.umich.edu/wiki/EPACTS#PED_file_for_Phenotypes_and_Covariates