s4

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    我需要从Bioconductor的ShortRead库创建ShortReadQ类型的对象。 ShortReadQ 'signature(sread = "DNAStringSet", quality = "QualityScore", id = "BStringSet")' 质量时隙必须是一个对象从继承的QualityScore,其中我可以很容易地从我希望模拟另一ShortRea

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    如何查看S4功能的定义?例如,我想在TSdbi包中看到TSconnect的定义。命令 showMethods("TSconnect") 显示其中有一个函数drv =“histQuoteDriver”,dbname =“character”。 如何查看此功能的定义?如果它是一个S3函数,那么将只有第一个可定义的参数(drv),可以使用print(TSconnect.histQuoteDriver

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    我是R新手,很难拼凑来自各种来源的信息,这些信息来源于与编写R代码的“良好”实践相关的各种信息。我已阅读过基本指南,但我一直在很难找到绝对是最新的信息。 什么是一些写得很好的/有记录的S3类的例子? 相应的S4班怎么样? 评论.R类/函数时使用了哪些约定?你是否将所有的注释都放在.Rd文件和.R文件中?这些文件的同步是否令人厌烦?

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    在像marray和limma这样的包中,当加载复杂对象时,它们包含使用@符号访问的“成员变量”。这是什么意思?它与$符号有什么不同?

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    如果发现软件包中存在错误,通常可以使用fixInNamespace(例如, fixInNamespace("mean.default", "base")。 对于S4方法,我不知道如何去做。我正在看的方法是在gWidgetstcltk包。你可以看到源代码 getMethod(".svalue", c("gTabletcltk", "guiWidgetsToolkittcltk")) 我找不到方法

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    我正尝试使用ROCR软件包从分析中导出生物测量数据。以下是我迄今为止完成的代码: pred = performance(Matching.Score,Distribution) perf = prediction(pred,"fnr", "fpr") An object of class “performance” Slot "x.name": [1] "False positive