protein-database

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好的。让我先解释一下事情。我在这段代码中使用了一个名为Biopython的特定模块。如果您不习惯使用模块，我正在解释解决问题的必要细节。的代码是： #!/usr/bin/python from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser import numpy as np parser=PDBParser(PERMISSIVE=1) structure

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用Python提取Fasta月光蛋白质序列

我想通过Python从Moonlighting Protein Database（www.moonlightingproteins.org/results.php?search_text=）中提取含有氨基酸序列的FASTA文件，因为它是一个迭代过程，我宁愿学习如何编程，而不是手动完成，B/C来吧，我们在2016年。问题是我不知道如何编写代码，因为我是一个菜鸟程序员:(。基本的伪代码将是：提前 fo

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使用python比较文件中不同行的两个单词

我正在使用蛋白质数据库中的文件，它看起来像这样。 SITE 2 AC1 15 ASN A 306 LEU A 309 ILE A 310 PHE A 313 SITE 3 AC1 15 ARG A 316 LEU A 326 ALA A 327 ILE A 345 SITE 4 AC1 15 CYS A 432 HIS A 435 HOH A 504

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如何在细胞视野中将网络变成蛋白质形状？

我有一个蛋白质网络加载到cytoscape。我想将网络节点变成与蛋白质形状/结构相对应的形状。这样就可以将网络图像叠加到蛋白质结构图像上。我试过RINanalyzer和structureviz2，但没有帮助。任何解决方案

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从哪里可以下载* .mat格式的RS126蛋白数据集？

我一直在研究蛋白质二级结构预测项目。我无法在线找到RS 126数据集。我在该数据库中找到了一个蛋白质列表。我对它们和* .mat（MATLAB数据集）格式运行PSI BLAST搜索后寻找相同的蛋白质。谢谢！

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如何在BioJava中使用mmCIF格式代替PDB？

我有一个小问题... 我知道，对于使用BioJava下载一个PDB结构，我应该使用 Structure s = StructureIO.getStructure("code"); 我应该怎么做用MMCIF文件呢？

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来自pdb文件的字典键

我试图通过一个.pdb文件，计算来自蛋白质复合物的A和B链上不同残基的α碳原子之间的距离，然后将距离与字典一起存储链标识符和残基编号。例如，如果在链A上的残基100上发现第一个α碳（“CA”），并且它与链上的残基123上的链结合，那么会希望我的字典看起来像d = {（ A，100）：[B，123，distance_between_atoms]} from Bio.PDB.PDBParser imp

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氨基酸结合位点发现，蛋白质数据库

我试图找出属于两个不同链的两个原子是否会被视为“绑定”。这基于这样一个事实，即如果距离（通过给定的x，y，z坐标可以找到的euclidian）短于两个原子的范德瓦尔加上0.5A，那么它被认为是束缚的。问题是我不知道如何计算每个原子的范德华力。因为在PDB中，原子名称就像CB1，CA等，而不是单个原子。例如，我知道瓦尔斯半径为N。我可以编写代码来计算原子之间的原子距离，但是我不能做范德华分量，这是必

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如何使用正则表达式在方括号内获取内容？

我有一个名为50267.gff像GFF文件如下 #start gene g1 dog1 dog2 dog3 #protein sequence = [DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD] #end gene g1 ### #start gene g2 cat1 cat2 cat3 #protein sequence = [C

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提取PDB trajctory

每个文件我有一个PDB文件代表轨迹文件看起来像 REMARK GENERATED BY TRJCONV TITLE Protein in water t= 400.00000 REMARK THIS IS A SIMULATION BOX CRYST1 99.547 99.547 99.547 90.00 90.00 90.00 P 1 1 MODEL 1 ATOM 1 N P