bioperl

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    如何使用Perl从NCBI获得FASTA核苷酸格式的基因特征？

    我能够下载一个FASTA文件中手动看起来像： >lcl|CR543861.1_gene_1... ATGCTTTGGACA... >lcl|CR543861.1_gene_2... GTGCGACTAAAA... 通过点击“发送到”，然后选择“基因功能”，FASTA核苷酸是唯一的选择（这是很好的，因为这就是我想要的）this page。 有了这样的脚本： #!/usr/bin/env p
    database perl fasta bioperl ncbi 2014-02-27

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    如何比较和合并多个文件？

    参考文件 chr1 288598 288656 chr1 779518 779576 chr2 2569592 2569660 chr3 5018399 5018464 chr4 5182842 5182882 文件1 chr1 288598 288656 12 chr1 779518 779576 14 chr2 2569592 2569660 26 chr3 5
    perl shell bioinformatics bioperl 2015-02-10

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    用于创建唯一ID的阵列散列

    我想为具有基因转录本的文件创建唯一ID。每一行由transcript_id和intron格式组成：染色体：start_coord-end_coord：strand。 我的文件看起来像这样： CUFF.59321 chr7:134136506-134143748:- CUFF.59321 chr7:134135655-134136337:- CUFF.59321 chr7:13413455
    hash bioinformatics bioperl 2016-11-20

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    如何打印每个迭代的搜索序列的第一个结果？

    如何打印第一次出现的蛋白质序列？对于这个查询，我得到了四个结果，我只想要第一个结果。 use Bio::DB::GenBank; use Bio::DB::Query::GenBank; $query = "LEGK"; $query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new( -db => 'protein', -query => $que
    database perl bioinformatics bioperl 2017-07-29

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    此脚本为什么在Windows上创建损坏的PNG文件？

    我想创建一个PNG文件。 下面的脚本执行时不返回任何错误，输出文件tester.png不能被查看（并且cmd窗口打印附加的附加文本）。 我不知道为什么我无法查看此脚本生成的PNG文件。 我使用了Active Perl（5.18.2）和Strawberry Perl（5.18.4.1），但同样的问题。我尝试了草莓Perl，因为它具有libgd和libpng作为安装的一部分，即使我没有收到任何错误。有
    perl png bioperl 2015-04-06

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    提取重叠区域

    我有一个文件表征的基因组区域，看起来像这样： chrom chromStart chromEnd PGB chr1 12874 28371 2 chr1 15765 21765 1 chr1 15795 28371 2 chr1 18759 24759 1 chr1 28370 34961 1 chr3 233278 240325 1 chr3 239279 440831 2 ch
    perl awk bioinformatics bioperl 2014-03-07

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    @INC中找不到Bio/SeqIO.pm

    您好我正在尝试使用docker安装VelvetOptimizer。并且它说在@INC中找不到Bio/SeqIO.pm。它要求下面要安装： 天鹅绒> = 0.7.51，Perl的> = 5.8的BioPerl> = 1.4，我已经安装了他们 请找到Dockerfile： FROM amazonlinux WORKDIR /shared RUN yum -y install gcc
    perl bioperl 2017-08-03

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    提取基因ID +功能注释从.gff

    我有一个.gff文件看起来像这样： Niben044Scf00000988 . contig 1 120868 . . . ID=Niben044Scf00000988;Name=Niben044Scf00000988 Niben044Scf00000988 maker gene 6221 8457 . - . ID=NbS00000988g0019;AltID=maker-Niben044Sc
    perl annotations bioperl 2014-11-22

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    CPAN错误（分段错误11）

    我想获得一些关于每当我尝试启动CPAN时在我的Mac上发生的错误的建议。我想在我的机器上安装的BioPerl，但每当我尝试推出CPAN或执行以下命令： perl -MCPAN -e shell 我得到一个错误Segmentation fault: 11。当我以sudo开始命令时，我可以克服这个问题。当我尝试按照以下步骤在我的Mac（OS X El Capitan）上安装BioPerl时，这也是同样
    segmentation-fault cpan bioperl 2016-08-30

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    Mac上的API安装错误

    我在安装ensembl API时遇到问题。我一直在使用website上的安装指南。首先，我很难获得DBI和DBD mySQL模块，但是一旦我使用perlbrew，我就没有问题了。然而运行ping指令以后我收到错误消息： ERROR: Error detected when connecting to Ensembl! Looks like you need to setup your PERL5
    perl bioperl 2015-12-30
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