从fasta文件中的fasta序列末端删除空间（*）

Question

我有一个multifasta文件，其中包含来自2个abinitio工具的预测蛋白质。每个序列最后都包含一个立体（*）。我想从文件中删除它。我的序列是这样的：

>snapgene1 
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP* 
>snapgene2 
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP* 

我想要的序列是这样的：

>snapgen1 
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP 
>snapgene2 
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP 

谁能帮我在这。三江源

Answer 1

如果存储在一个文件 “TEMP.TXT” 的文字，你可以用命令：

sed -i "s/*$//" temp.txt 

Answer 2

在awk中，如果你把你的fastas在file：

$ awk '{sub(/\*$/,"")}1' file 
>snapgene1 
SFLPSAEAIEKVLSHMSRRIIDDMKAELQQPEMRWFWP 
>snapgene2 
SFLPSAEAIEKVLSHIIIIAAAAKKKPPFFDDMKAELQQPEMRWFWP 

它取代尾随*什么也没有。