如何在linux中使用管道？

Question

我有一个软件在Linux工作，像test_sf

test_sf --input test.fastq --output test.results 

它会输出一个名为检验。结果

，但我有test1.fastq.gz，test2的文件。 fastq.gz，怎么可以用这两个文件代替解压呢？

zcat test1.fastq.gz | test_st --input --output test1.results 
zcat test1.fastq.gz | test_st --input --output test1.results 

这两个命令不起作用。

注意：这只是一个玩具命令来显示我的问题。

Answer 1

你有这样的命令：

test_sf --input test.fastq --output test.results 

您将理想运行它，但你不能因为你的程序不支持压缩输入：

test_sf --input test.fastq.gz --output test.results # probably fails 

所以你需要使用zcat将文件解压缩，然后将其插入。有些程序将-理解为标准输入法的神奇文件名，在这种情况下，您可以执行此操作：

zcat test.fastq | test_sf --input - --output test.results # might work 

如果你的程序还没有明白-特殊，您可以在Bash的使用：这样做是有一个命令行实际上像这样调用程序

test_sf --input <(zcat test.fastq.gz) --output test.results # should work 

：

test_sf --input /dev/XXX --output test.results 

其中XXX是一些特殊的文件名，它实际上是zcat将写入的管道。这样，只要你的程序支持从文件串行读取（不需要随机访问输入），它几乎肯定会起作用。这最后一种技术在这里进一步描述：https://unix.stackexchange.com/questions/101143/how-can-i-stream-data-to-a-program-that-expects-to-read-data-from-a-file-that-is