NA的快速替换 - 一个错误或警告

Question

我有一个很大的data.frame被称为49952 obs的“mat”。 7597个变量，我试图用零代替NAs。这里是我的data.frame如何如何：

A B C E F D Q Z . . . 
1 1 1 0 NA NA 0 NA NA 
2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 
3 0 0 0 NA NA 1 NA NA 
4 NA NA NA NA NA NA NA NA 
5 0 1 0 1 NA 0 NA NA 
6 1 1 1 0 NA 0 NA NA 
7 0 0 1 0 NA 1 NA NA 
. 
. 
. 

我需要一个快速的工具来取代它们。结果应该是这样的：

A B C E F D Q Z . . . 
1 1 1 0 0 0 0 0 0 
2 0 0 1 0 0 0 0 0 
3 0 0 0 0 0 1 0 0 
4 0 0 0 0 0 0 0 0 
5 0 1 0 1 0 0 0 0 
6 1 1 1 0 0 0 0 0 
7 0 0 1 0 0 1 0 0 
. 
. 
. 

我已经尝试过lapply(mat, function(x){replace(x, is.na(x),0)}) - 没有工作 - mat[is.na(mat)] <- 0 - 错误，也许太慢 - 也link - 没有工作过。

@Sotos已经建议我plyr::rbind.fill(lapply(L, as.data.frame))但它没有工作，因为它使data.frame的379485344观察值和1变量（这是49952x7597），所以我也必须trafnsform它回来。有没有更好的方法来做到这一点？

我data.frame的真实结构：

> str(mat) 
'data.frame': 49952 obs. of 7597 variables: 
$ 6794602 : num 1 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1008667 : num NA 1 0 NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 8009082 : num NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ 6740421 : num NA NA NA 1 NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 6777805 : num NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA ... 
$ 1001682 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1001990 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002541 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002790 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 

---

注：

，当我试图mat[is.na(mat)] <- 0有一个警告：

> mat[is.na(mat)] <- 0 
Warning messages: 
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : 
    invalid factor level, NA generated 
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : 
    invalid factor level, NA generated 
> nlevels(mat) 
[1] 0 

Data.frame使用后垫子mat[is.na(mat)] <- 0：

> str(mat) 
'data.frame': 49952 obs. of 7597 variables: 
$ 6794602 : num 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1008667 : num 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 8009082 : num 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 6740421 : num 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 6777805 : num 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 ... 
$ 1001682 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1001990 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002541 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002790 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 

所以问题是：

1. 是否有更换NA任何其他快捷的方式？
2. 是警告大不了的？由于使用mat[is.na(mat)] <- 0后的数据看起来像我想要的，但数值太多，所以我无法检查它们是否正确。

Answer 1

尝试以下方法：

mat %>% replace(is.na(.), 0) 

Answer 2

如果怀疑某些列是因子，则可以使用以下代码来检测并将其更改为数字。

inx <- sapply(mat, inherits, "factor") 
mat[inx] <- lapply(mat[inx], function(x) as.numeric(as.character(x))) 

然后尝试以下操作。

mat[] <- lapply(mat, function(x) {x[is.na(x)] <- 0; x}) 
mat 

这里是数据。

mat <- 
structure(list(A = c(1L, 0L, 0L, NA, 0L, 1L, 0L), B = c(1L, 0L, 
0L, NA, 1L, 1L, 0L), C = c(0L, 1L, 0L, NA, 0L, 1L, 1L), E = c(NA, 
NA, NA, NA, 1L, 0L, 0L), F = c(NA_real_, NA_real_, NA_real_, 
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), D = c(0L, 0L, 1L, NA, 
0L, 0L, 1L), Q = c(NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, 
NA_real_, NA_real_), Z = c(NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, 
NA_real_, NA_real_, NA_real_)), .Names = c("A", "B", "C", "E", 
"F", "D", "Q", "Z"), row.names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", 
"7"), class = "data.frame")