'circos'风格情节与matplotlib？

Question

有没有人知道是否有方法使matplotlib python包或任何其他python库制作circos-style地块？他们不必像这个例子那样好看。

Answer 1

据我所知，这没有直接的功能。如果我要创建此功能，我将使用polar plots作为起点，然后创建一个transformation以将数据位置沿着圆轴转换为极坐标。

Answer 2

Yann的想法很棒。而且，circus是由Perl和GD和其他模块开发的，然后输出SVG（或png）。如果你想创建新的轮毂的Python也可以做到这一点:)

据我所知，如果你想circos风格的图像（圆形风格）由matplotlib，你最好直接写原始Python代码：

1. 学习基本的语法SVG
2. 使用Python来生成基本布局
3. 设计你的图像元素
4. 计算和转换数据坐标;你最好在极坐标系下考虑它（我做了同样的事情，但没有开源代码。）
5. 输出你的元素。

如果你喜欢，加入circos的谷歌小组讨论：http://groups.google.com/group/circos-data-visualization

Answer 3

看来，Biopython的模块GenomeDiagram具有类似的功能，但它是专为绘制基因组数据，但没有任何数据，如circos，并且输出结果不会那么好。