为什么Hardy-Weinberg测试在GenABEL和Plink中有所不同？

Question

当我使用这个命令的Plink：

Plink --file filename --hardy 

将创建一个与每个标记不同的p值的新文件filename.hwe，而相形之下，在GenABEL：

library(GenABEL) 
... 
snpSummary<-summary(gtdata(filename)) 
hwe_test<-snpSummary$Pexact 

为什么我收到其他p值为相同的标记？

Answer 1

有不同的HWE测试。例如，卡方合体吻合度与Fisher精确测试vs杂合体过量/缺陷。

我不确定，但您应该检查每个软件的手册，以确认他们首先使用相同的测试。