R Bioconductor：topGO未安装

我刚刚完成下载R和RStudios以与Ubuntu 14.04一起使用。我有版本R 3.0.2。我正在尝试使用RStudio安装Bioconductor软件包topGO。我使用的代码来源（：http://bioconductor.org/biocLite.R“），并得到消息：”Bioconductor版本2.13 ....更新版本的Bioconductor是可用后，安装新版本的R“R Bioconductor：topGO未安装

因此，我删除R从我的电脑和重新。-installed它，我想我有最新的R版本3.0.2版我也R上的这个新downmload跑biocLite（“BiocUpgrade”），并得到了错误信息：

BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.12.1), R 
    version 3.0.2. 
Warning messages: 
1: Bioconductor version 2.13 is the latest available for R 
    version 3.0.0 
2: installed directory not writable, cannot update packages 
    'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 
    'KernSmooth', 'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 
    'rpart', 'spatial', 'survival'

我不知道是什么这意味着我只是尝试使用biocLite（“topGO”）下载topGO。它开始下载，但随后停止并给出错误消息：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'GO.db', details: 
    call: match.arg(synchronous, c("off", "normal", "full")) 
    error: 'arg' must be NULL or a character vector 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/GO.db’ 
ERROR: dependency ‘GO.db’ is not available for package ‘topGO’ 
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/topGO’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpqFXYZT/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘GO.db’ had non-zero exit status 
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘topGO’ had non-zero exit status 
3: installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 'KernSmooth', 
    'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 'rpart', 'spatial', 'survival'

有什么想法？感谢您的帮助！

来源

2015-08-14 kevluv93

我讨厌这样做，我会在终端中输入什么来获取这个最新的包的R？我试图deb https://cran.cnr.Berkeley.edu/bin/linux/ubuntu vivid /但它说“deb”命令不存在 – kevluv93

如果你有ubuntu 14.04，我建议你编辑文件/ etc/apt/sources.list，并在末尾添加'deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty /'这一行，前提是您可以读取/写入该文件。 – RHertel

完成此操作后，可以继续执行“sudo apt-get update”，然后执行“sudo apt-get install r-base”和“sudo apt-get install r-base-dev”。 – RHertel

您的计算机上没有R的最新版本。几个软件包需要更新的版本。我建议您按照https://cran.r-project.org/上的说明安装最新版本的R（目前是v3.2.1），然后重试。

来源

2015-08-14 17:36:22 RHertel

问题：安装目录不可写，不能更新包 '启动'， '类'， '群'， '编码工具编码工具'， '外国'， 'KernSmooth'， '格'， '矩阵'，“mgcv ”， 'NLME'， 'NNET'， 'rpart包'， '空间'， '生存'

溶液：运行R作为一个根用户在终端

1，须藤ř 2，biocLite（” BiocUpgrade“） 3，更新选项:(类型）a

来源

2017-02-01 21:57:39

R Bioconductor：topGO未安装

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