编写Python或TCL VMD脚本

有谁知道编写Python 或TCL脚本的完整教程吗？我想写一个脚本来加载一个分子，做3个表示，并且改变它们每一个的属性（如着色方法，绘图方法，等值等）并最终渲染图像。编写Python或TCL VMD脚本

我经历了这个教程，但它教导的一个脚本是用加载一个分子并选择原子。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node4.html

有没有什么资源可以学习编写脚本来完成更高级的vmd操作？

2015-03-08 Gihan

*“的问题，要求我们建议还是找一本书，工具，软件库，** **教程或其他异地资源是题外话了堆栈溢出，因为他们倾向于吸引舆论的答案和垃圾邮件，而是描述问题以及到目前为止解决问题所做的工作。“* – jonrsharpe 2015-03-08 22:17:56

到目前为止我所能做的只是加载和选择分子中的所有原子，如 mol new 000.0000-0001.xsf set gold [atomselect top“all”] – Gihan 2015-03-08 22:25:44

请参阅http：// stackoverflow。 COM /帮助/如何对问 – jonrsharpe 2015-03-08 22:26:36

对于Tcl的一般学习，有Tcl Tutorial。对于Python的一般学习，有The Python Tutorial（Python 2 version）。你需要选择你在那里使用的路线。然后，您将获得足够的信息来查看VMD documentation，并按照自己的方式进行操作，前提是您对如何解决问题有点想象力。你可以在这里问问你是否遇到了特定的问题;堆栈溢出是关于帮助具体问题，而不是一般的“我从哪里开始这个项目？！”的问题。

来源

2015-03-09 09:22:46

一种可能性是，您首先创建您的表示，更改属性等。然后，当您完成后，将状态保存到文件中（文件 - >保存可视化状态...）。以这种方式创建的文件是可以使用普通文本编辑器编辑的脚本。例如，您可以搜索并替换您加载的分子文件的名称，将相同的表示法应用于其他分子。您也可以在脚本文件的最后添加的绘制命令，例如：

render tachyon rendered_image.tga

编辑该文件后，您可以直接在VMD通过文件 - >加载可视化州加载... 另外，您可以加载它启动时VMD：

vmd -e your_edited_visualization_state_file.vmd

来源

2016-06-30 15:05:25 Giannis

编写Python或TCL VMD脚本

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