如何将clusterw .dnd文件转换为图像（PNG）文件？

我想从dnd文件创建png图像，以便更好地理解dnd文件。我已经看到一些将dnd文件转换为图像格式的软件，并且我有大约2000个dnd文件，并且我想将这些文件转换为图像文件以获得更好的效果了解如何将clusterw .dnd文件转换为图像（PNG）文件？

是否可以从clusterw dnd文件创建系统发育树图像？免打扰文件

一个例子是像波纹管：

(
(
A:0.336889, 
(
(
B:0.204161, 
(
(
(
C:0.112841, 
(
D:0.0605849, 
E:0.0605849):0.112841):0.133598, 
(
F:0.0946236, 
G:0.0946236):0.133598):0.148107, 
H:0.148107):0.204161):0.285724, 
I:0.285724):0.336889):0.338734, 
J:0.338734):0.338734;

来源

2015-05-19 Arijit

第一：是的，这是可能的....第二：从文件“ClustalW生成TREEVIEW可以读取的.DND和.PHB文件。 .PHB树中的引导值存储为内部节点的标签。这些可以使用显示内部标签命令查看。“.... –

视图[biostars]（https://www.biostars.org/p/17023/） –

正如我所提到的，我已经看到了一些treeview软件，它可以显示一个dnd文件的图像格式。但我想知道它后面的程序，因为我有2000 dnd文件，它不容易从dnd创建所有图像文件。 – Arijit

您可以在R中，使用ape library，DND文件是一个类型的Newick format

install.packages("ape") 

library(ape) 
MyTree <- read.tree("my_file.dnd") 
png("my_file.png") 
plot(MyTree) 
dev.off()

你：

phylogenetic tree

或者，如果您愿意使用phytools library，请注意：之前，你必须先删除换行符输入文件

 
((A:0.336889,((B:0.204161,(((C:0.112841,(D:0.0605849,E:0.0605849):0.112841):0.133598,(F:0.0946236,G:0.0946236):0.133598):0.148107,H:0.148107):0.204161):0.285724,I:0.285724):0.336889):0.338734,J:0.338734):0.338734;

install.packages("phytools") 

library(phytools) 
MyTree <- read.newick("my_file.dnd") 
png("my_file2.png") 
plot(MyTree) 
dev.off()

你

phylogenetic tree 2

来源

2015-05-22 10:54:11

如何将clusterw .dnd文件转换为图像（PNG）文件？

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