2012-08-10 44 views
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我怎样才能制作结果1,2和3的箱型图除以次要等位基因计数?用于箱形图编程的R编程

> data 

    mouse.id treatment outcome1 outcome2 outcome3 snp1 snp2 snp3 snp4 snp5 snp6 snp7 snp8 
1  186   2 2427.395 240.635 526.250 0 1 0 0 0 1 0 1 
2  186   3 7922.080 3355.925 1786.400 0 1 0 0 0 1 0 1 
3  187   1 6114.500 1048.615 1375.990 0 0 1 0 0 0 0 0 
4  187   2 2176.345 187.980 631.030 0 0 1 0 0 0 0 0 
5  187   3 8523.140 6054.180 2932.915 0 0 1 0 0 0 0 0 
+3

不是每个人都知道“次要等位基因数”是什么(特别是因为该短语根本没有出现在您的数据中)。你必须解释,以及展示你到目前为止所尝试的。 – joran 2012-08-10 00:27:32

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我需要使用boxplot(split(y,g1)),其中y是每个结果,而g1是每个snp分数 – user1586483 2012-08-10 00:33:26

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什么是'y'?什么是'g1'?这些_those_东西都不会出现在您的数据中。 – joran 2012-08-10 00:37:14

回答

2

也肯定箱线图的问题,因为我发现,构建了极大常用和不下工夫去学习它,....但聚集步骤可能会是这样的:

aggregate(data[, c("outcome1","outcome2","outcome3")], 
      list(rowSums(data[, 6:13])), #construct the by-list 
      FUN=mean) 
#---------- 
    Group.1 outcome1 outcome2 outcome3 
1  1 5604.662 2430.258 1646.645 
2  3 5174.738 1798.280 1156.325 

也许只是围绕它包装boxplot

 boxplot(...[ ,2:4], xlab="Sum of minor alleles") 

没有,我的测试表明我在盒子里显得相当无能为力。这难道不会像表中那样有效地显示吗?

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Y是三个结果(1,2,3)的每个结果并且g1是每个基因型评分 – user1586483 2012-08-10 01:03:23

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该评论似乎来“出于蓝色”。在那个数据输出中没有“Y”或“g1”,除非你编辑你的问题来为该评论创建一些上下文。 – 2012-08-10 01:12:16

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我提到Y作为三种治疗的每种结果之一,g1作为每个snp评分(如0,1,2) – user1586483 2012-08-10 01:18:40