bash重命名目录中的特定文件类型

我试图使用bash重命名一个特定的file type，它是.bam.bai并且无法删除文件名中第二个下划线_后面的文本。目前我只得到一个文件返回第一个_后重命名，另外两个文件被删除，我会假设因为它们是重复的。谢谢你，祝你度过愉快的假期:)。bash重命名目录中的特定文件类型

文件到/ home/cmccabe /示例/文件夹

IonXpress_007_MEVxz_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai 
IonXpress_008_MEVxx_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai 
IonXpress_009_MEVxy_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai

期望的输出

IonXpress_007.bam.bai 
IonXpress_008.bam.bai 
IonXpress_009.bam.bai

击

for file in /home/cmccabe/example/folder/*.bam.bai; do 
mv -- "$file" "${file%%_[0-9][0-9][0-9]_*}.bam.bai 
done

电流输出

IonXpress

来源

2016-11-24 Chris

除了在'mv'命令中缺少双引号字符，你是否尝试了一个常识选项，比如在循环中包含一个调试行，比如'echo mv - “$ file”“$ {file %% _ [0-9] [ 0-9] [0-9] _ *}。bam.bai“'？ – Jdamian

您的代码从新名称中删除'_009_'子字符串。 '$ {file %% _ [0-9] [0-9] [0-9] _ *}'为'IonXpress'扩展。 – Jdamian

如果你有rename工具，那么你可以使用：

rename -n 's/^([^_]+_[^_]+)_.+$/$1.bam.bai/' *.bam.bai 

'IonXpress_007_MEVxz_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai' would be renamed to 'IonXpress_007.bam.bai' 
'IonXpress_008_MEVxx_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai' would be renamed to 'IonXpress_008.bam.bai' 
'IonXpress_009_MEVxy_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai' would be renamed to 'IonXpress_009.bam.bai'

如果没有rename做，那么你可以通过这些文件使用循环和使用cut：

for f in *.bam.bai; do echo mv "$f" "$(cut -d_ -f1-2 <<< "$f").bam.bai"; done 

mv IonXpress_007_MEVxz_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai IonXpress_007.bam.bai 
mv IonXpress_008_MEVxx_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai IonXpress_008.bam.bai 
mv IonXpress_009_MEVxy_R_2016_11_18_10_45_10_user_S5-00580-14-Medexome.bam.bai IonXpress_009.bam.bai

删除echo之前mv一旦你s不满意输出。

来源

2016-11-24 14:53:12 anubhava

使用'rename'工具可以工作，但它只是将'stdout'中的文件重命名为不在目录中。谢谢：）。 – Chris

这是因为我使用'rename -n'进行空运行。只需使用'rename's /^([^_]+_[^_]+)_.+$/$ 1.bam.bai /'* .bam.bai'来重命名它们全部。 – anubhava

谢谢，不熟悉'重命名'，但感谢你介绍我和帮助:)。 – Chris

${file%%_[0-9][0-9][0-9]_*}删除任何字符，直到最左下划线字符（包括三位数字及其下划线）。因此，这扩大到IonXpress。

相反，我的代码从右侧删除任何字符留到第二个下划线之后MEV子：

for file in /home/cmccabe/example/folder/*.bam.bai 
do 
     mv -- "$file" "${file%%_MEV*}".bam.bai 
done

另一种选择是选择从文件名中的13个最左边的字符：

mv -- "$file" "${file::13}".bam.bai

来源

2016-11-24 15:01:26 Jdamian

一个强大的方法来做到这一点将是：

#!/bin/bash 
mydir=/home/cmccabe/example/folder 
regex="^([^_]+_[^_]+)"     # Match a sequence of several not "_" 
             # followed by a "_" and by 
             # a second sequence of not "_". 

cd "$mydir"       # work only on files inside mydir. 
shopt -s nullglob      # Make the pattern null if no file. 

for file in ./[^.].bam.bai; do   # To avoid matching a renamed file. 
    [[ $file =~ $regex ]];    # test if the file match the regex. 
    f="./${BASH_REMATCH[1]}.bam.bai" 
    echo \ 
    mv "./$file" "$f"     # execute the rename. 
done

来源

2016-11-24 16:31:56 sorontar

bash重命名目录中的特定文件类型

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