Bash脚本：重命名输出目录

Question

我做了一个bash脚本来运行一个程序（Velveth），它将一个目录中的所有Fasta文件（.fa）作为输入，并将结果放到一个新目录中。

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename" 
done 

我可以循环抛出所有fasta文件，但每次迭代都会将结果重写为同一个文件夹。我怎样才能重新命名每个迭代的输出目录？

我试图给同名的文件：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

，但它不工作。

谢谢。

Answer 1

我会电子书籍，你做的是利用它作为输出，并且之前也创造directoy文件不要创建与文件名称相同的目录。如果你想将输出在同一个目录中的文件，我建议这样做：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    mkdir ${filename%.*} 
    velveth ${filename%.*} 21 -fasta -short "$filename" 
done 

${filename%.*}将删除该文件的后缀，从而使foo出foo.fa，这样你不会创建目录使用与文件完全相同的名称...为文件foo.fa创建目录foo。

Answer 2

你可以尝试这样的事：

I=0 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename" 
    mv "folder/result" "folder/result$I" 
    I=$I+1 
done 

它会创建像result0result1等

Answer 3

到velveth第一个参数是输出目录，无一不您提供的脚本都是错误的

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename" 
done 

错误：目录：所有

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

错误同一目录等于输出文件

velveth创建的输出目录，如果不存在的话，那么我想，如果你传递一个参数，根据该文件的名称将不会有问题：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "${filename%.*}" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

给定的输入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa，velveth将节省输出文件在目录/home/lpp/Desktop/test/test。

另一个选择可能是为了只是“补充”的东西的文件名来设置输出目录：

#!/bin/bash 
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do 
    velveth "$filename.out" 21 -fasta -short "$filename" 
done 

给定的输入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa，velveth将输出文件保存在目录/home/lpp/Desktop/test/test.fa.out。