需要帮助，使我的Python脚本工作

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我想写一个python脚本，可以用来重新格式化一个FASTA文件成两列，表格分隔的表格，如上图所示。该脚本应该从命令行取得输入文件的名称，并且结果应该转到STDOUT。需要帮助，使我的Python脚本工作

任何帮助将不胜感激！所以这是我到目前为止：

#/user/bin/env python 
import sys 
import re 
file_object = open(sys.argv[1]) 
for some_line in file_object: 
     if re.search('>', some_line): 
       sys.stdout.write(some_line.strip('\n')+ '\t') 
     else: 
      if re.search('^\w+', some_line): 
          sys.stdout.write(some_line.strip('w')

预期输出：

来源

2016-02-26 etet112

你有这个代码（除了语法错误）有什么问题？ –

我得到这IndentationError说，unindent不匹配任何外部缩进级别 – etet112

然后开始修复。 –

你其他没有与if语句对应的对齐。无论如何，我建议你如果可以的话可以摆脱重新包装。这个例子，会更快：

#/user/bin/env python 
import sys 
file_object = open(sys.argv[1]) 
for some_line in file_object: 
    if some_line.startswith('>'): 
      sys.stdout.write(some_line.strip('\n') + '\t') 
    else: 
      sys.stdout.write(some_line)

来源

2016-02-26 18:39:08 fransua

需要帮助，使我的Python脚本工作

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