2016-02-05 78 views
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我正在寻找一个程序来可视化数据树。它很小,有大约20个节点。我想适合用于矢量图形格式,例如PDF,SVG呈现的曲线图等可视化树数据

输入端连接的节点对的简单列表,像这样:

specie,monosaccharide 
specie,polysaccharide 
specie,protein 
specie,nucleic_acid 
nucleic_acid,DNA 
nucleic_acid,RNA 
RNA,mRNA 
RNA,ncRNA 

Cytoscape的似乎太复杂了,Graphviz似乎死了(网站无响应),Gephi甚至不会在其教程中绘制第一个例子。

我想在我的Mac上运行图形程序,我很乐意编写一个小程序,最好是Pyton或Perl来生成图形。

请推荐?

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令我惊讶的是Graphviz网站不可用,它应该是暂时的。我建议你使用igraph来代表你的python图表。查看提示here并照常检查文档和tutorial