从PDB中提取坐标文件

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print" Enter the file name"; 

$a=<>; 

@arr=split(" ",$a); 

if($i=0; $i< scalar @arr; $i++) 

foreach $values(@arr) 
{ 

    if($values=~/^ATOM/) 
    { 
     print FH1 $a; 

     open(FH1,">>output.pdb") 
    } 
}

来源

2012-01-29 user1083096

你不打开一个文件来阅读代码中的任何地方。 – Mat 2012-01-29 10:46:25

@Mat，你不必明确地打开神奇的ARGV文件句柄。真正的问题是他的代码甚至没有编译。第一个“if”看起来应该是“for”。它也缺少大括号，这在Perl中不是可选的。 – cjm 2012-01-29 10:53:26

@cjm：我不认为'foreach $ values（@arr）'有什么魔力，我没有看到ARGV文件句柄如何在代码中的任何地方使用。我错过了什么吗？（当然，除了'$ a = <>;'）。 – Mat 2012-01-29 10:56:03

，因为你不能使用PDB文本文件分割提取PDB文件我写的代码波纹管凌动线，没有显示任何OUTPUTFILE字段由位置而不是分隔符定义。见Coordinate File Description (PDB Format)。

相反，你应该使用substr ($line,$start,$len)与每个字段（从Coordinate File Description采取）的$start和$len不同的值，或依靠现有PDB解析器之一，如Bioperl's。

来源

2012-01-29 15:39:49 Itamar

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