使用`jitterdodge`时，在ggplot中对齐点和误差线

以下可重复数据包含每个动物（猫和狗）对于两个协变量（cov1和cov2）以及它们各自的误差的每个季节（夏季和冬季）的50个观测值估计（SE）。使用`jitterdodge`时，在ggplot中对齐点和误差线

library(ggplot2); library(dplyr); library(tidyr) 
set.seed(123) 
dat <- data.frame(Season = rep(c("Summer", "Winter"), each = 100), 
        Species = rep(c("Dog", "Cat", "Dog", "Cat"), each = 50), 
        cov1 = sample(1:100, 200, replace = TRUE), 
        cov1SE = rnorm(200), 
        cov2 = sample(1:100, 200, replace = TRUE), 
        cov2SE = rnorm(200)) 

head(dat) 
    Season Species cov1  cov1SE cov2  cov2SE 
1 Summer  Dog 29 -0.71040656 24 -0.07355602 
2 Summer  Dog 79 0.25688371 69 -1.16865142 
3 Summer  Dog 41 -0.24669188 23 -0.63474826 
4 Summer  Dog 89 -0.34754260 32 -0.02884155 
5 Summer  Dog 95 -0.95161857 18 0.67069597 
6 Summer  Dog 5 -0.04502772 81 -1.65054654

下面我收集的数据为长格式ggplot

EstLong <- dat %>% gather(Cov, Estimate, c(cov1, cov2)) 
SE <- dat %>% gather(Cov, SE, c(cov1SE, cov2SE)) 
datLong <- EstLong[ , c(1,2,5,6)] 
datLong$SE <- SE[ , 6] 

head(datLong) 
    Season Species Cov Estimate   SE 
1 Summer  Dog cov1  29 -0.71040656 
2 Summer  Dog cov1  79 0.25688371 
3 Summer  Dog cov1  41 -0.24669188 
4 Summer  Dog cov1  89 -0.34754260 
5 Summer  Dog cov1  95 -0.95161857 
6 Summer  Dog cov1  5 -0.04502772

我试图绘制所有点和正在使用position_jitterdodge躲闪和抖动点（如this SO post建议），但不能如下所示将误差线与相应的点正确对齐。 position_dodge正确对齐点和误差线，但需要jitter以减少沿x轴的重叠。任何建议将不胜感激。

Jit <- position_jitterdodge(dodge.width=0.4) 

ggplot(datLong, aes(y = Estimate, x = Cov, color = Species)) + 
    geom_point(position = Jit, size = 1) + 
    geom_errorbar(aes(ymin = Estimate-SE, ymax = Estimate+SE), width = 0.2, position = Jit) + 
    theme_bw() + 
    facet_wrap(~ Season, ncol = 1, scales = "free") + 
    scale_color_manual(values = c("blue", "red"))

来源

2017-06-16 B. Davis

相关的问题[这里]（https://stackoverflow.com/questions/3165346/is-it-possible-to-jitter-two-ggplot-geoms -in最同路）。看起来像是归结为必须创建自己的抖动。 – aosmith

感谢您的参考。关于如何在分组因素中手动抖动作为现有问题的答案的任何想法？ –

手动抖动显示在[这里]（https://stackoverflow.com/a/39533567/2461552）。看起来'抖动'使用统一的分布，所以你可以总是从制服中自行绘制，以创建新的“抖动”变量。 – aosmith

您可以扩展position_dodge产生修复jitter的数据：

myjit <- ggproto("fixJitter", PositionDodge, 
       width = 0.3, 
       dodge.width = 0.1, 
       jit = NULL, 
       compute_panel = function (self, data, params, scales) 
       { 

        #Generate Jitter if not yet 
        if(is.null(self$jit)) { 
        self$jit <-jitter(rep(0, nrow(data)), amount=self$dodge.width) 
        } 

        data <- ggproto_parent(PositionDodge, self)$compute_panel(data, params, scales) 

        data$x <- data$x + self$jit 
        #For proper error extensions 
        if("xmin" %in% colnames(data)) data$xmin <- data$xmin + self$jit 
        if("xmax" %in% colnames(data)) data$xmax <- data$xmax + self$jit 
        data 
       }) 




ggplot(datLong, aes(y = Estimate, x = Cov, color = Species, group=Species)) + 
    geom_point(position = myjit, size = 1) + 
    geom_errorbar(aes(ymin = Estimate-SE, ymax = Estimate+SE), width = 0.2, position = myjit)+ 
    theme_bw() + 
    facet_wrap(~ Season, ncol = 1, scales = "free") + 
    scale_color_manual(values = c("blue", "red"))

请注意，你必须创建为每一个情节的新对象fixJitter。

这里的情节：

Fixed Jitter

来源

2017-06-17 01:08:08 Marcelo

使用`jitterdodge`时，在ggplot中对齐点和误差线

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