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如果我使用下面链接中的FASTA文件，我应该在Biopython中使用哪种字母类型？会不会是IUPAC.unambiguous_dna？我应该在Biopython中使用哪种字母表类型与FASTA文件？
链接FASTA文件：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/?C=S;O=A
A
回答
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你看过3.1 Sequences and Alphabets？它解释了可用的不同字母，以及它们覆盖的情况。
您提供的链接中有很多序列（对于我们来说太多了，无法完成）。我的建议是去UnambiguousDNA。如果四个基本核苷酸不够，解析器将会发出抱怨，并且您应该选择更广泛的字母表。
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我会建议询问biostars.org，更有可能在那里找到更好的答案 – Stedy 2013-03-18 01:08:13