R：未使用的参数“标签”，在hclust

Question

我用下面的代码来构建和聚类：

dat <- read.table(textConnection(" 
pdb  PA  EHSS 
1avd_model.pdb 3028.0 3920.0 
1ave_model.pdb 3083.0 4019.0 
1ij8_model.pdb 2958.0 3830.0 
1ldo_model.pdb 2889.0 3754.0 
1ldq_model.pdb 2758.0 3590.0 
1lel_model.pdb 2815.0 3650.0 
1vyo_model.pdb 2877.0 3740.0 
2a5b_model.pdb 3145.0 4103.0 
2a5c_model.pdb 3072.0 3994.0 
2a8g_model.pdb 3056.0 3978.0 
2avi_model.pdb 2856.0 3700.0 
2c4i_model.pdb 2934.0 3795.0 
2cam_model.pdb 3112.0 4053.0 
2jgs.pdb 2913.0 3739.0 
3fdc_model.pdb 2837.0 3666.0"), header=TRUE) 

d <- dist(dat$PA, method = "euclidean") 
fit <- hclust(d, method="ward", labels=dat$pdb) 
plot(fit) 

但是，当它建立我收到以下错误消息unused argument(s) (labels = dat$pdb)集群。

为什么标签不工作？

Answer 1

hclust并不需要一个labels说法...但它的剧情方法做。试试这个看：

fit <- hclust(d, method="ward") 
plot(fit, labels=dat$pdb) 

Answer 2

可能是因为hclust没有一个labels说法...

> args(hclust) 
function (d, method = "complete", members = NULL) 
NULL 
<environment: R_GlobalEnv>