将numpy数组转换为图像

Question

我有一个代表jpg的numpy数组，而不是文件。因此我必须直接处理数组。我想将这些数据保存到一个文件中，这样我就可以用普通的jpg查看器来观看它。通常我可以用

pl = pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 

但是图像信息是用jpg2000编码的，所以这种方法失败了。因此，我试图pgmagick：

tmp = pgmagick.Image(ds.pixel_array) 
logging.info("Info I") 
pl = pgmagick.Blob() 
tmp.write(pl, 'GRAY') 

但不幸的是失败，也与该错误，该numpy的阵列不能被转换成pgmagick图像。是否有另一种方法将jpg2000编码的信息转换为PIL-able信息？

更新：
运行以下行

jpg_bytes = ds.pixel_array.astype('uint8').tostring() 

导致以下错误：

Data type not understood by NumPy: format='uint12', PixelRepresentation=0, BitsAllocated=12 

编辑：完整的功能：

def convert(self, inputpic, outputpic = "", force = False): 
     if not inputpic or not os.path.isfile(inputpic): 
      logging.critical("No valid input filename entered, or input file not found. Input filename was " + inputpic) 
      return INT_ERROR 
     else: 
      input_clean = self.cleanEnding(inputpic) 
      if not outputpic: 
       outputpic = input_clean + ".jpg" 
      print "Output pic is " + outputpic 
      if os.path.isfile(outputpic + ".jpg") and force is False: 
       logging.critical("Output file is already there, don't want to overwrite it! Output filename was " + outputpic) 
      else: 
       if outputpic[:-4] is not ".jpg": 
        outputpic = outputpic + ".jpg" 
       try: 
        ds = dicom.read_file(inputpic, force=True) 
       except InvalidDicomError: 
        logging.critical("File " + inputpic + " is not a dicom file!") 
        return INT_ERROR 
       #try: 
       # pl = pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
       #except: 
       try: 
        logging.info("Decoding starts now") 
        jpg_bytes = "".join(chr(x) for x in ds.pixel_array) 
        logging.info("Test I") 
        jpg_bytes = ds.pixel_array.astype('uint8').tostring() 
        logging.warning("Trying to decode it with pgmagick") 
        im = pgmagick.Image.open(io.BytesIO(jpg_bytes)) 
        logging.info("Decoding successfull") 
        #logging.info("Info I") 
        #pl = pgmagick.Blob() 
        #tmp.write(pl, 'GRAY') 
       except Exception as e: 
        logging.critical("Critical error happened during imshow() with file " + inputpic + " with the following error: " + str(e)) 
        return INT_ERROR 
       if not os.path.isfile("tmp.png"): 
        pylab.savefig("tmp.png") 
       else: 
        logging.critical("tmp.png is already in this folder, maybe a failed cleanup? Stopping!") 
        return INT_ERROR 
       im = Image.open("tmp.png") 
       bg = Image.new("RGB", im.size, (255,255,255)) 
       bg.paste(im, (0,0), im) 
       bg.save(outputpic[:-4], quality=95) 
       os.remove("tmp.png") 
     return INT_SUCCESS 

与inputpic为DICOM文件。 记录文件中的错误在第一个logging.info（logging.info("Decoding starts now")）之后出现，因此我假设在第三行不在日志文件中之后从第二行抛出错误。

Answer 1

假设pixel_array是一个表示JPEG编码图像的字节数组（前四个字节 - 幻数 - 如果是这种情况将为FF D8 FF E0）。

您可以使用numpy的数组转换成字节串：

jpg_bytes = ds.pixel_array.astype('uint8').tostring() 

，并且可以使用加载一个字节的字符串：

import io 
from pgmagick import Image 

im = Image.open(io.BytesIO(jpg_bytes)) 

编辑：我错过了 “JPG2000” 位，所以：

• pgmagick可以加载jpg2000文件和上面的代码将工作无线这个问题。
• jpg2000文件的幻数是0000 000C 6A50 2020 0D0A 870A。