在python中使用变量作为新文件的名称的一部分

Question

我对python相当陌生，而且我的python脚本（split_fasta.py）有问题。这里是我的问题的一个例子：

list = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"] 
for file in list: 
    contents = open(file, "r") 
    for line in contents: 
     if line[0] == ">": 
      new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w") 
      new_file.write(line) 

我已经离开了程序的底部部分，因为它不需要。我的问题是，当我在同一个direcoty我的fasta123文件运行这个程序，它的伟大工程：

蟒蛇split_fasta.py * .fasta

但是，如果我在不同的目录我希望程序输出新文件（例如1.fasta_chromsome.fasta）到我当前的目录中......它不会：

python /home/bin/split_fasta.py/home/data /*.fasta

这仍会在与fasta文件相同的目录中创建新文件。在这里，我敢肯定，问题是这一行：

new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w") 

因为如果我把它改成这样：

new_file = open("seq" + "_chromosome.fasta", "w") 

它创造了我的当前目录下的输出文件。

我希望这对你们中的一些人有意义，我可以得到一些建议。

Answer 1

您正在给出旧文件的完整路径以及一个新名称。所以基本上，如果file == /home/data/something.fasta，输出文件将是file + "_chromosome.fasta"这是/home/data/something.fasta_chromosome.fasta

如果您在使用fileos.path.basename，你会得到的文件名（即在我的例子，something.fasta）

从@Adam史密斯

您可以使用os.path.splitext摆脱的.fasta

basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(file)) 

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回到代码示例，我看到了很多不推荐用Python的东西。我会详细介绍。

避免阴影内置名称，如list,str,int ......它不明确，可能会导致以后出现潜在问题。

打开文件进行读取或写入时，应使用with语法。这是强烈建议，因为它需要谨慎关闭文件。

with open(filename, "r") as f: 
    data = f.read() 
with open(new_filename, "w") as f: 
    f.write(data) 

如果你在你的文件中的空行，line[0] == ...将导致IndexError例外。改为使用line.startswith(...)。

最终代码：

files = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"] 
for file in files: 
    with open(file, "r") as input: 
     for line in input: 
      if line.startswith(">"): 
       new_name = os.path.splitext(os.path.basename(file)) + "_chromosome.fasta" 
       with open(new_name, "w") as output: 
        output.write(line) 

通常，人们要是敢动我，并说 “这hugly”。不是真的 ：）。缩进的级别清楚了什么是上下文。