awk解析字段，并包含1管道的文本

我想解析输入awk以包括|gc= in $4，但我不能。以下为收盘：awk解析字段，并包含1管道的文本

awk至今：

awk '{sub(/\|[^[:blank:]]+[[:blank:]]+[0-9]+/, ""); print }' input.txt

输入

chr1 955543 955763 AGRN-6|pr=2|gc=75 0 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7|pr=3|gc=61.2 0 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8|pr=1|gc=57.1 0 +

电流输出

chr1 955543 955763 AGRN-6 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8 +

所需的输出（每个字段由制表符分隔）

chr1 955543 955763 AGRN-6|gc=75 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7|gc=61.2 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8|gc=57.1 +

编辑

gawk '{gensub(/\|[^[:blank:]]+[[:blank:]]+[0-9]+[\]+/, ""); print }' input.txt > output.txt 
gawk: cmd. line:1: {gensub(/\|[^[:blank:]]+[[:blank:]]+[0-9]+[\]+/, ""); print } 
gawk: cmd. line:1:  ^unterminated regexp 
gawk: cmd. line:1: error: Unmatched [ or [^: /\|[^[:blank:]]+[[:blank:]]+[0-9]+[\]+/, ""); print }/

也试过此awk，但这只是打印原始输入：

awk '{sub(/\|[^[:blank:]]+[[:blank:]]+[0-9]+[[|blank|]]+/, ""); print }' input.txt > output.txt

来源

2015-11-07 Chris

它看起来像你的输入数据制表符分隔。那是对的吗？你想要制表符分隔的输出吗？阅读关于'split（）'函数。祝你好运 – shellter

你有GNU awk吗？如果是这样，gensub（）是你想要的，而不是sub（）。 –

我会阅读关于拆分，并有GNU'awk'，但不熟悉'gensub（）'。谢谢：）。 – Chris

这接近:(不包括|但这并不重要）

awk '{split($4,a,"|"); print $1,$2,$3,a[1],a[3],$6}' input.txt 
chr1 955543 955763 AGRN-6 gc=75 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7 gc=61.2 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8 gc=57.1 +

谢谢@shelter :)

来源

2015-11-07 16:24:51 Chris

有几种方法可以在输出中获得'|'字符。最简单的方法是插入到输出字符串中，例如'print $ 1，$ 2，$ 3，a [1]“|”a3，$ 6}'注意字符和字符串是如何用db引号包围的，''|“ '，但变量不加引号。祝你好运。 – shellter

awk 'BEGIN{FS="[ ]+|[|]+"};{print $1,$2,$3"|"$6 }'

编辑：使用GAWK

gawk '{print gensub(/(^[^|]+)\|[^|]+([|][^+]+).*/,"\\1\\2","g",$0)}' my_file

来源

2015-11-07 22:09:00 repzero

awk -F'|' '{sub(/ 0 /,"")}{print $1"|"$3}' file 
chr1 955543 955763 AGRN-6|gc=75 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7|gc=61.2 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8|gc=57.1 +

首先管用作字段分隔符。重点是摆脱第二列。它被没有任何逗号的管道替换，以将第一和第三列紧紧地连在一起。这样做零符号在加号旁边。因此，在打印动作之前，零点必须被移除，在这种情况下，通过sub和一个模式来消除所有零点。我用/ space0space /。

来源

2015-11-08 17:28:23

请解释你的代码！ – aschipfl

你总是可以尝试多级，每级很简单，利用awk的构建插件

$ awk -F'|' '{print $1"|"$3}' file 
    | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$4,$6}' 

chr1 955543 955763 AGRN-6|gc=75 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7|gc=61.2 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8|gc=57.1 +

来源

2015-11-08 18:34:48 karakfa

awk解析字段，并包含1管道的文本

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