GenomicFeatures软件包安装问题

对不起，很快就会有一个简单的安装问题，但我无法自己解决它是严重影响我的生产力。无论如何，我尝试按照BC网站的建议安装GenomicFeatures。GenomicFeatures软件包安装问题

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures")

我收到以下错误消息（除了几个警告信息）

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

所以一些问题，我想的依赖，但它似乎很奇怪，他们将之前的GF自动安装。我正在使用版本2.15.0。任何线索可能是什么问题？我很乐意根据需要提供更多信息。谢谢。

来源

2012-06-10 mstrfrdmx

依赖关系*应该在应用程序包之前自动安装。好像你在使用RCurl和XML时遇到问题。尝试从CRAN中分别安装这些程序。 'install.packages（RCurl）'等。我成功安装了'GF'，因为我有这些依赖关系。 – Maiasaura

另外，如果您在遵循上述建议后仍然遇到问题，请编辑您的问题并添加'sessionInfo（）'的结果。 – Maiasaura

您需要安装操作系统库libcurl和libxml。精确的规格取决于您的操作系统;对于我'sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev'和libxml2-dev。一旦安装完毕，'biocLite'或'install.packages'就可以正常工作。 –

马丁摩根有一个解决方案，我相信在评论中的作品。我会详细阐述一点。

错误消息告诉您需要安装RCurl和XML软件包。这两个软件包都要求您的系统具有特定的开发包。你似乎在运行Linux。如果您使用的是基于Debian的系统（Debian，Ubuntu，Mint，...），那么对于RCurl进行安装，您需要安装libcurl4-openssl-dev，而对于XML安装，您需要安装libxml2-dev。您可以通过在命令行上相对简单地完成此操作，方法是键入

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

应该安装所需的软件包和任何依赖项。然后，你应该能够在R

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML")

从安装RCurl和XML封装在这一点上你所需要的依赖，并应能够从Bioconductor的安装GenomicFeatures。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures")

只是说明了使用Windows的 - 让RCurl和XML并不容易，然而，布赖恩·里普利博士在his website提供这些包的二进制文件，你可以从那里很容易下载。最初，当我看到RCurl和XML出现问题时，我认为它必须是Windows用户，直到我查看实际的错误并意识到它是Linux用户。

来源

2012-06-10 20:09:07 Dason

GenomicFeatures软件包安装问题

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