如何从3D tiff图像中提取零件？

Question

我有一个tiff文件，使用ImageJ在Z堆栈中排列多个灰度图像，形成一个3D图像。从这张图片我想提取某些物体，即细胞体或轴突。

我不是在寻找自动分割，而是宁愿手动选择所需的区域。但是，我无法找到一款软件，可以让我在3D tiff图像中绘制选区并导出选定的区域。

所以我的问题是，如果有这样的软件？

Answer 1

您可以使用3D套件为可perfom自动分割及测量3D，请参见：

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:stacks:3d_ij_suite:start

如果你有一个堆栈，你也可以手动标记，并填写你的对象提取和用例如来衡量它们3D对象计数器。

另一种可能性是使用可训练的分割插件标记堆栈中的类似区域，请参阅：

http://imagej.net/Trainable_Weka_Segmentation