使用Python读取.vtk文件

我已经给出了一个传统格式的vtk文件（我认为它是一个非结构化网格），我想用python读取它并输出一个.npy文件，因为我知道如何处理。使用Python读取.vtk文件

该文件是来自ATHENA的转储文件，因此具有密度，速度，磁场以及坐标。

我非常一个程序的程序员，所以所有这些对象都是混乱...

2012-07-30 Ben Jackel

你能发布这个文件的数据的样本？ – 2012-07-30 19:04:32

有[PyEVTK]（https://bitbucket.org/pauloh/pyevtk）写作，但它不支持阅读 – jterrace 2012-07-30 19:07:53

哦，从jterrace的链接，我看到它是一种二进制格式。的Bleh。 – 2012-07-30 19:23:45

您是否尝试过使用paraview包？（http://www.paraview.org/）它可以给你一个关于幕后发生的事情的视觉概念，并且可以用许多不同的方式输出文件。我会建议这个，因为我不知道你的数据是什么样的。 http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Python也可能有一个可能适合您的账单的例子。就我个人而言，我会和paraview一起玩，然后从那里出发。

来源

2012-07-31 23:01:16

我以前使用过paraview，或者更确切地说是一个名为VISIT的加法。但是，我需要分析文件中的内容，并执行诸如fft等的操作，因此只是简单地对其进行可视化是不够的。 – 2012-08-01 13:16:26

这里有一个脚本，使用VTK的Python SDK一个VTK文件中读取多边形数据为numpy的数组：

import sys 

import numpy 
import vtk 

reader = vtk.vtkPolyDataReader() 
reader.SetFileName(sys.argv[1]) 
reader.Update() 

polydata = reader.GetOutput() 

for i in range(polydata.GetNumberOfCells()): 
    pts = polydata.GetCell(i).GetPoints()  
    np_pts = numpy.array([pts.GetPoint(i) for i in range(pts.GetNumberOfPoints())]) 
    print np_pts

来源

2012-08-10 01:31:02 jterrace

我已经能够使用vtkDataSetReader（）而不是vtkPolyDataReader进入GetOutput（）阶段，但我仍然对如何获取信息感到困惑。 GetNumberOfPoints和GetNumberOfCells似乎给了我认为数组应该有多大的合理数字，但我仍然不知道如何将所有变量拉出来。有没有办法获得有关vtk究竟具有什么内容以及以什么形式存在的信息？用一种可以理解的方式？ – 2012-08-10 19:34:26

如果你选择这里的一个文件http://people.sc.fsu.edu/~jburkardt/data/vtk/vtk.html我可以尝试并帮助提取格式。有很多不同的格式。 – jterrace 2012-08-10 19:40:16

reader.IsFileStructuredPoints（）返回1，其他选项返回0，所以我要走出去并说它是一个结构化点的传统vtk。 – 2012-08-10 20:45:13

这里是我想出了，关键是（）打开ReadAllVectorsOn的解决方案。

import numpy 
from vtk import vtkStructuredPointsReader 
from vtk.util import numpy_support as VN 

reader = vtkStructuredPointsReader() 
reader.SetFileName(filename) 
reader.ReadAllVectorsOn() 
reader.ReadAllScalarsOn() 
reader.Update() 

data = reader.GetOutput() 

dim = data.GetDimensions() 
vec = list(dim) 
vec = [i-1 for i in dim] 
vec.append(3) 

u = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('velocity')) 
b = VN.vtk_to_numpy(data.GetCellData().GetArray('cell_centered_B')) 

u = u.reshape(vec,order='F') 
b = b.reshape(vec,order='F') 

x = zeros(data.GetNumberOfPoints()) 
y = zeros(data.GetNumberOfPoints()) 
z = zeros(data.GetNumberOfPoints()) 

for i in range(data.GetNumberOfPoints()): 
     x[i],y[i],z[i] = data.GetPoint(i) 

x = x.reshape(dim,order='F') 
y = y.reshape(dim,order='F') 
z = z.reshape(dim,order='F')

来源

2012-08-13 21:15:04

应该提到的是，在最新版本中，YT项目http://yt-project.org/包括ATHENA支持，这意味着通过各种手段，这是使用Python分析仿真数据的方式。

来源

2013-08-15 00:54:32 Tim

meshio（我的一个项目）知道VTK格式，所以你可以简单地

pip install meshio

然后

import meshio 
points, cells, point_data, cell_data, field_data = meshio.read('file.vtk')

来源

2017-05-18 17:52:39

使用Python读取.vtk文件

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