Python：与子进程回显

我想从python脚本分配任务给qsub。Python：与子进程回显

为的qsub提交到目前为止，我一直用这样的表达：

echo "python script.py arg1 arg2" | qsub

我想在python重现此命令：

command = 'echo "python sub_master_script.py ' + str(i) + ' ' + path + '" | qsub -pe make 5 -N Teaching_' + str(i) + ' -cwd' 
subprocess.call(shlex.split(command))

虽然command带有命令我通常会使用，当我启动python脚本时，它被解释为一个简单的echo。

，而不是开始一个新的工作，我得到这个写在控制台：

python sub_master_script.py 0.75 /data5/bio/runs-galkin/Iterative/test_OTU.txt | qsub -pe make 5 -N Teaching_0.75 -cwd

为什么出现这种情况？我怎样才能使它工作？

来源

2017-02-09 lotrus28

您正在大量使用shell功能，主要是通过运行2个进程连接在一起。

subprocess.call(shlex.split(command),shell=True)

是一个quickfix。

这样做是使用1 subprocess.Popen例如，通过communicate提供输入的正确方法（模拟echo python ...）和shell=True（使用pipes.quote查尔斯评论，以确保在需要时字符串被正确引用）下降

import pipes 
input_string = "python sub_master_script.py {} {}\n".format(*(map(pipes.quote,[str(i),path]))) 

p = subprocess.Popen(['qsub','-pe','make','5','-N','Teaching_{}'.format(i),'-cwd'],stdin=subprocess.PIPE) 
out,err = p.communicate(input_string)

来源

2017-02-09 14:34:27

这里假设'i'和'path'是不需要引用/转义的字符串。使用'pipes.quote（）'来准备它们的值会更安全（虽然，被授予，OP的原始shell命令是完全相同的方式是不安全的/ bug）。 –

@CharlesDuffy很好的附加组件。编辑。 –

我试着用你的解决方案，我得到'TypeError：__init __（）有一个意想不到的关键字参数'input'' 使用'subprocess.Popen（command，shell = True，stdout = subprocess.PIPE，stderr = subprocess.STDOUT）'工作正常。我没有看到'shell = True'出了什么问题，所以我想我会离开它 – lotrus28

Python：与子进程回显

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