读取函数外部的文件以迭代通过

我创建了一个函数，我想在整个文件上运行，但我遇到了一些麻烦。我只从文件的最后一行获取输出。读取函数外部的文件以迭代通过

我有两个不同的输入的文件和想法是从一个文件以及收集的某些术语采取线，将它们添加到一个字典，然后搜索对应的线的第二文件并打印输出。我知道这个问题很可能是我为这个函数调用的位置。

矩阵文件看起来像这样

 Sp_ds Sp_hs Sp_log Sp_plat 
c3833_g1_i2  4.00 0.07 16.84 26.37 
c4832_g1_i1  24.55 116.87 220.53 28.82 
c5161_g1_i1  107.49 89.39 26.95 698.97 
c4399_g1_i2  27.91 72.57 5.56 36.58 
c5916_g1_i1  82.57 19.03 48.55 258.22

爆炸文件看起来像这样

c0_g1_i1|m.1 gi|74665200|sp|Q9HGP0.1|PVG4_SCHPO  100.00 372  0  0  1  372  1  372  0.0  754 
c1000_g1_i1|m.799  gi|48474761|sp|O94288.1|NOC3_SCHPO  100.00 747  0  0  5  751  1  747  0.0  1506 
c1001_g1_i1|m.800  gi|259016383|sp|O42919.3|RT26A_SCHPO 100.00 268  0  0  1  268  1  268  0.0  557 
c1002_g1_i1|m.801  gi|1723464|sp|Q10302.1|YD49_SCHPO  100.00 646  0  0  1  646  1  646  0.0  1310 
c1003_g1_i1|m.803  gi|74631197|sp|Q6BDR8.1|NSE4_SCHPO  100.00 246  0  0  1  246  1  246  1e-179 502 
c1004_g1_i1|m.804  gi|74676184|sp|O94325.1|PEX5_SCHPO  100.00 598  0  0  1  598  1  598  0.0  1227 
c1005_g1_i1|m.805  gi|9910811|sp|O42832.2|SPB1_SCHPO  100.00 802  0  0  1  802  1  802  0.0  1644 
c1006_g1_i1|m.806  gi|74627042|sp|O94631.1|MRM1_SCHPO  100.00 255  0  0  1  255  47  301  0.0  525 
c1007_g1_i1|m.807  gi|20137702|sp|O74370.1|ISY1_SCHPO  100.00 201  0  0  1  201  1  201  4e-146 412

，我迄今得到的程序是这样的

def parse_blast(blast_line="NA"): 
    transcript = blast_line[0][0] 
    swissProt = blast_line[1][3] 
    return(transcript, swissProt) 

blast = open("/scratch/RNASeq/blastp.outfmt6") 
for line in blast: 
     line= [item.split('|') for item in line.split()] 
     (transcript, swissProt) = parse_blast(blast_line = line) 


transcript_to_protein = {} 
transcript_to_protein[transcript] = swissProt 
if transcript in transcript_to_protein: 
     protein = transcript_to_protein.get(transcript) 

matrix = open("/scratch/RNASeq/diffExpr.P1e-3_C2.matrix") 
for line in matrix: 
     matrixFields = line.rstrip("\n").split("\t") 
     transcript = matrixFields[0] 
     Sp_ds = matrixFields[1] 
     Sp_hs = matrixFields[2] 
     Sp_log = matrixFields[3] 
     Sp_plat = matrixFields[4] 

tab = "\t" 
fields = (protein,Sp_ds,Sp_hs,Sp_log,Sp_plat) 
out = open("parsed_blast.txt","w") 
out.write(tab.join(fields)) 
matrix.close() 
blast.close() 
out.close()

来源

2016-11-20 Jamie Leigh

这是一个范围问题，因为你的缩进不正确。

for line in blast: 
    line= [item.split('|') for item in line.split()] 
    (transcript, swissProt) = parse_blast(blast_line = line)

因此，你保持循环直到最后一行而不保存你得到的值。我想你应该你的缩进改变这种

transcript_to_protein = {} # 1. declare the dictionary 

for line in blast: 
     line= [item.split('|') for item in line.split()] 
     (transcript, swissProt) = parse_blast(blast_line = line) 
     transcript_to_protein[transcript] = swissProt # 2. Add the data to the dictionary

这将解决你的第一个file.But的问题不是你的第二个你不使用你的循环内的字典。

所以，你必须将这些线移动第二环

if transcript in transcript_to_protein: 
    protein = transcript_to_protein.get(transcript)

我觉得你有这个想法里面。我会留下剩下的给你做，在循环之前需要移动几行，在第二个循环之内需要移动一行或两行。

来源

2016-11-20 03:41:22

此：

for line in blast: 
     line= [item.split('|') for item in line.split()] 
     (transcript, swissProt) = parse_blast(blast_line = line)

读取所有的行，但它完成后（成绩单，SWISSPROT）将只从最后一行的值。

同样为：

for line in matrix: 
     matrixFields = line.rstrip("\n").split("\t") 
     transcript = matrixFields[0] 
     Sp_ds = matrixFields[1] 
     Sp_hs = matrixFields[2] 
     Sp_log = matrixFields[3] 
     Sp_plat = matrixFields[4]

你需要把你的行处理其余的环内。

来源

2016-11-20 03:41:36

读取函数外部的文件以迭代通过

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