如何更改SimpleITK中的默认图像查看器

我正在使用SImpleITK和ipython笔记本进行图像处理，正如我们所知，imagej是simpleitk中的默认图像查看器。但是我使用的图像类型是.mha和.mha，imagej不支持。为此，我必须使用斐济或imagej2。如何更改SimpleITK中的默认图像查看器

我试图根据simpleitk常见问题解答中提到的指令，使斐济作为默认的图像浏览器，但没有获得成功，并显示以下信息：

我想知道我在做什么错误。

如何在使用simpleitk和ipython笔记本时将斐济或imagej2作为所有类型图像的默认图像查看器。

谢谢。

您设置环境变量的命令是错误的。仔细查看FAQ。变量名后应该有一个'='。 –

在我看来，你仍然在你的STIK_SHOW_COMMAND变量中找不到ImageJ，它在斐济文件夹中找不到。再次阅读说明。我假设你没有很好地遵守它们。您的变量应该包含新的图像查看器，并且不在另一个文件夹中包含ImageJ。

2016-03-07 09:46:51 Piglet

ImageJ是不支持.mha文件的默认查看器。但imagej2或斐济支持它。我们知道“斐济不过是imagej”，这就是它看起来像imagej的原因。所以我多次阅读说明书，也尝试了很多次，但没有取得成功。所以问题仍然是相同的我想使斐济作为默认查看器不imagej ..可以建议适当的步骤.. –

但斐济执行不命名ImageJ-Linux64，但斐济Linux或斐济Linux64。至少斐济的文件是这样说的。所以无论你读什么，你都不明白，或者斐济文件是错误的。您的计算机正在尝试执行名为ImageJ-Linux64的文件，该文件不应该显然不存在于您的斐济文件夹中！ – Piglet

[斐济]（http://imagej.net/Install_Fiji_on_Linux）。我用这个链接下载了包含ImageJ-linux64而不是Fiji-linux或其他东西的斐济的linux版本。那么有谁可以告诉我我错在哪里，又如何在simpleITK中将斐济添加为默认图像查看器。谢谢。 –

尝试使用系统变量SITK_SHOW_EXTENSION更改文件的扩展名，并尝试使用SITK_SHOW_COMMAND向可视化软件提供命令。在我的.bash_profile我：

export SITK_SHOW_COMMAND='itksnap'

其他指令可以与获得sitk.Show（）。

2016-08-23 07:00:40 SeF

尝试将“％F”更改为“％f”。它是区分大小写的。或者实际上，你可以放弃它。如果没有“％f”，它只会将文件名放在命令行的末尾。

此外，您可以使用SimpleITK/ImageJ查看MHA文件。无论输入图像如何，SimpleITK实际上在调用Show时都会默认写出一个Nifti文件。

2016-10-05 15:44:14

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