更高效的R/Sweave/TeXShop工作流程？

我现在已经在我的Mac OS X 10.6机器上正常工作，以便使用Sweave创建出色的LaTeX文档，其中包括R代码片段，输出和LaTeX格式。不幸的是，我觉得我的工作流程是有点笨重，效率低下：更高效的R/Sweave/TeXShop工作流程？

使用的TextWrangler，我写（以下R代码里面块由< <包围>> =上面和@）胶乳码和R代码放在一起在一个.Rnw文件中。
保存更改后，我用Sweave命令
```
Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw", 
     syntax="SweaveSyntaxNoweb") 
```
在响应调用来自R的.Rnw文件，R输出以下消息：

现在您可以在“运行的LaTeX Assign4.tex”

所以后来我发现在R目录.tex文件（Assign4.tex）和它复制到文件夹中的我的文档~/Documents/ .Rnw文件所在的位置（将所有内容保存在一个位置）。
然后我在TeXShop中打开.tex文件（例如Assign4.tex）并将其编译成pdf格式。只有在这个时候，我才能看到我对文档所做的任何更改，看看它是否“看起来不错”。

有没有一种方法可以用一个按钮单击来编译所有东西？具体来说，如果直接从TextWrangler或TeXShop调用Sweave/R将会很好。我怀疑可能在终端中编写脚本来完成它，但我对终端没有经验。

请让我知道是否有任何其他的事情我可以做，以简化或改进自己的工作流程。

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2011-02-07 baha-kev

使用Gregor Gorjanc的Sweave.sh脚本，在TeXShop中一键式刷新很容易。从http://cran.r-project.org/contrib/extra/scripts/Sweave.sh得到它，并将其放入您的~/Library/TeXShop/bin/文件夹中。

然后将以下文件添加到您的~/Library/TeXShop/engines/文件夹：

由于Sweave.engine：

#!/bin/bash 
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh -ld "$1"

由于SweaveNoClean.engine：

#!/bin/bash 
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh -nc -ld "$1"

你必须设置Sweave.sh权限和两个引擎文件允许执行。

要添加这些文件后重新启动TeXShop，打开Sweave文档（使用Rnw扩展名），并在文档窗口上方的下拉菜单中将LaTeX更改为Sweave或SweaveNoClean。

请注意：“Sweave”选项将自行清理，删除LaTeX和Sweave创建的所有额外文件。如果你的文件被称为myfile.Rnw，这将包括名为myfile.R和myfile.tex的文件。所以对智者来说一句话：确保你的Rnw文件的基名是唯一的;那么没有任何意外的事情会被写下来然后被删除。

SweaveNoClean选项不会自行清理。这可以确保你不会删除任何意想不到的事情;尽管它仍然可以写入一个名为myfile.tex的文件，前提是你要扫描myfile.Rnw。这也不会删除已创建的任何图形，以防您希望将它们与完整的排版文档分开。

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2011-02-07 16:33:42 Aaron

我用以下形式的Makefile我Sweave文件：

pdf: myfile.tex 
    R CMD texi2pdf myfile.tex 

myfile.tex: myfile.Rnw 
    R CMD Sweave myfile.Rnw

然后我可以在Mac OS的终端一步构建文档通过运行命令make pdf

我肯定有一种方法可以让它更接近Mac OS X中的一键式目标，但这对我来说已经足够了。

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2011-02-07 14:59:46 las3rjock

我也为sweave使用makefile;我发布了Sweave编译makefiles的几个示例：请参阅本文底部的链接：http://jeromyanglim.blogspot.com/2010/12/r-workflow-slides-from-talk-at.html – 2011-02-08 05:41:55

在bash shell中的命令行：

R CMD Sweave foo.Rnw && pdflatex foo.tex

运行Sweave，并且如果成功的话继续做pdflatex。 Out弹出pdf。如果你在bash Terminal里有这个，那么只需点击箭头把它取回来，然后重新执行。然后再次。然后再次。

Makefile的解决方案也不错。

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2011-02-07 15:03:36 Spacedman

我使用这也过了一段时间（也可以删除文件扩展名）。基本上，它只是在链中添加bibtex，并在完成时打开pdf：R CMD Sweave foo && R CMD pdflatex foo && R CMD bibtex foo && foo.pdf – 2011-02-07 17:48:24

是不是可以说R CMD Sweave --pdf foo。 Rnw直接获得pdf？ – 2011-11-19 07:36:27

如果您愿意切换到（支付）解决方案，TextMate有一个Sweave插件，可以将您从.Rnw一步转换为PDF：Sweave，排版和查看。结合Skim，它可以配置为重新加载PDF，它使调整文件变得非常简单。

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2011-02-07 16:08:44 kmm

我使用这些（保存为sweave.engine和sweavebibtex.engine）texshop中的自定义引擎。我通常在R中编写代码块，然后将该块复制到我在texshop中打开的rnw文件中。我很喜欢这个解决方案，它可以让我在同一文档（即emacs）中进行语法突出显示和拼写纠正R和tex。

#!/bin/bash 
echo 'SWEAVE | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009' 
export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin 
R CMD Sweave "$1" 
pdflatex "${1%.*}"

;第二，做中文提供，以及：

#!/bin/bash 
date 
before="$(date +%s)" 
echo 'SWEAVE | PDFLATEX | BIBTEX | PDFLATEX | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009' 
#Updated 20Jul2010 for auto including Sweave.sty 


export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin 

R CMD Sweave "$1" 
R CMD pdflatex "${1%.*}" 
bibtex "${1%.*}.aux" 
R CMD pdflatex "${1%.*}" 
R CMD pdflatex "${1%.*}" 


after="$(date +%s)" 
elapsed_seconds="$(expr $after - $before)" 
date 
echo Elapsed time '(m:s)': $(date -r $elapsed_seconds +%M:%S)

不能说他们正在做的事情的最好方法，但他们做的工作。

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2011-03-11 18:31:49 AndrewK

我有同样的问题（我使用Mac OSX），我选择下载Eclipse Classic 3.6.2。然后安装StatET插件。设置起来有点多毛，但是一旦你做这个环境很好，因为你可以使用pdflatex一键编译你的.Rwn Sweave文档，并为你最喜欢的浏览器设置选项，这样当你编译时，.pdf会自动弹出在TeXShop。你也可以在TeXShop中做到这一点，但是TeXShop对于调试很不方便.Rnw文件并且它不会突出显示.Rwn文件中的R代码。在Eclipse中，您可以自定义语法突出显示（不是Texclipse末端最好的，但确定），以便您可以轻松区分R和LaTeX代码。您也可以从Eclipse中启动R控制台，并且它有一个图形对象浏览器。无论如何，我可以继续。如果您想了解如何安装它的详细信息，请通知我。

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2011-03-12 07:35:55

我请使用Aquamacs或Eclipse的做.Rnw文件的编辑，然后我用下面的shell函数编译&观点是：

sweaveCache() { 
    Rscript -e "library(cacheSweave); setCacheDir(getwd()); 
    Sweave('$1.Rnw', driver = cacheSweaveDriver)" && 
    pdflatex --shell-escape $1.tex && 
    open $1.pdf 
}

请注意，我用的cacheSweave驱动程序，有助于避免不断重新执行需要很长时间才能运行的代码段。

顺便说一句，我也试图切换到Babel而不是Sweave;不知道我最终会使用哪一种，但是我确实喜欢Babel的一些方面。

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2011-03-16 16:08:25

猜猜我来晚了就这个派对，但我放在一起，其中记录我的基于Eclipse Sweave工作流程网页（带一触式sweave）：

http://www.stanford.edu/~messing/ComputationalSocialScienceWorkflow.html

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2011-03-20 04:35:52 Solomon

最好的解决方法是在这里：为TeXShop创建一个新的* .engine，然后使用快捷键或1按钮进行排版。

http://cameron.bracken.bz/sweave-for-texshop

卡梅伦也非常敏感，所以我极力推荐他的解决方案。

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2011-04-05 19:54:31 mech

RStudio有一个按钮，可以一气呵成。有一点需要注意的是，它在自己的会话中运行，因此您可能已设置的任何工作空间变量都将被忽略。

the compile button

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2011-04-06 16:27:04

只是注意：您可以居然直接来自R使用TEXI2DVI（在工具包）调用之类的东西pdflatex等。例如：

Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw") 

texi2pdf("Assign4.tex")

会将您的Rnw文件编译为pdf。因此，不需要离开R来处理tex-> pdf步骤。

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2011-11-19 05:25:54

更高效的R/Sweave/TeXShop工作流程？

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