R：交互作用中的特殊对比

在双因子ANOVA的背景下，我想输入另一个因子（SpeciesA，SpeciesB）水平内一个因子（10,20,30度）的对比度水平。这假定交互作用是显着的，所以对比不能简单地在温度主效应上进行。R：交互作用中的特殊对比

我曾试图在EZanova，multcomp和phia中做到这一点，但一直无法弄清楚有效的语法。我错过了一个允许这个的包吗？

对比度和系数

Contrast1： 10是否度20和30物种A不同？种类：温度（2，-1，-1,0,0,0） 对比度2：对于物种B，10度与20和30不同吗？种类：温度（0,0,0,2，-1，-1） 对比度3：物种A的10度与物种B的20度和30度不同？种类：温度（2,0,0,0，-1，-1）

species<-rep(c("speciesA","speciesB"),each=12) 
temp<-rep(rep(c("10","20","30"),each=4),2) 
y<-rnorm(24,5,3) 
(result<-anova(lm(y~species*temp)))

来源

2015-09-11 B. Bingham

查看'stats'包中的'contrasts'。你可以使用不同的函数来创建对比矩阵（例如'contrasts'，'contr.treatment'，'contr.poly'，'contr.helmert'等） –

我试过了：'anova（lm（y 〜物种*温度+ C（温度， contr =矩阵（c（2，-1，-1,0,0,0,0,0,0,2，-1，-1,2,0,0， 0，-1，-1）， nrow = 3，ncol = 6，byrow = T），how.many = 6）+ C（species， contr = matrix（c（2，-1，-1,0 ，0,0,0,0,0,2，-1，-1,2,0,0,0，-1，-1）， nrow = 2，ncol = 6，byrow = T），如何。 many = 6））），但是输出仍然与没有用C（）'添加对比矩阵相同。 –

它的碱-R的一部分。请参阅?contrasts页面。我会说明第一个要求的对比;另外两个应该很直接。我假设你想要单独计算这些对比p值，所以我使用how.many参数将对比度构造限制为单个比较。否则，你会得到5个反差，因为在默认情况下contrasts函数试图建立一个跨越组正交对比：

set.seed(123) 
species <- rep(c("speciesA","speciesB"),each=12) 
temp <- rep(rep(c("10","20","30"),each=4),2) 
y<-rnorm(24,5,3) 

intvar <- interaction(species, temp) # create an interaction variable 
?contrasts

需要知道哪些层面是要正确排序的对比度值：

> levels(intvar) 
[1] "speciesA.10" "speciesB.10" "speciesA.20" "speciesB.20" "speciesA.30" 
[6] "speciesB.30"

所以这应该建立在A物种之间的10和20或30的角度对比：

contrasts(intvar, how.many=1) <- c(2,0,-1,0,-1,0) 
anova(lm(y~intvar)) 
#------------ 
Analysis of Variance Table 

Response: y 
      Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) 
intvar  1 0.013 0.0129 0.0015 0.9695 
Residuals 22 190.306 8.6503

你似乎是在学外贸相当早期阶段ng R，所以我建议您学习构建数据框以便通过data= - 回归函数的参数，而不是在工作空间中处理“松散”的对象，请不要采用使用attach的讨厌习惯。

来源

2015-09-12 18:06:45

感谢您的回应/有用的信息。您提供的代码提供了一个清晰的路径来对比全套交互方式。理想情况下，我希望在双因子方差分析中做这种对比，这意味着对比度F比的分母是来自完整ANOVA的MS残差（即来自全模型和18 df的残差）。我可以使用2-way ANOVA输出与您的代码结合使用。显然，在没有一些手动计算的情况下，还没有一种简单的方法可以在R中执行此操作。 –

共有21个df，因此具有5个对比度的“完整模型”在残差中将具有21-5 = 16df。如果你只在“完整模型”中有三个对比（这在我理解的任何意义上都不是完整的），那么数字18对于残差中的df是有意义的。没有手工计算需要......只是清楚地说明所需的内容。这听起来像是一个家庭作业问题，这就是为什么我给它留下了“读者”填写的部分。我从未喜欢为他们完成别人的作业（并没有得到任何信用）。 –

R：交互作用中的特殊对比

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