如何手动创建树状图（或“hclust”）对象？ （in R）

Question

我有一个树形图给我作为图像。由于它不是很大，我可以将它“手工”构造成一个R对象。

所以我的问题是如何手动创建树状图（或“hclust”）对象，当我拥有的是树状图像？

我看到有一个叫做“as.dendrogram”的函数，但我没有找到如何使用它的例子。

（PS：这篇文章是由here以下我的问题）

非常感谢， 塔尔

Answer 1

我认为你是在创建一个hclust对象，然后将其转换为使用as.dendrogram树状图的更好，然后尝试直接创建树状图。查看?hclust帮助页面，查看hclust对象元素的含义。

下面是一个简单的例子有四片叶子A，B，C，和d，结合第一AB，然后是CD，最后AB-CD：

a <- list() # initialize empty object 
# define merging pattern: 
# negative numbers are leaves, 
# positive are merged clusters (defined by row number in $merge) 
a$merge <- matrix(c(-1, -2, 
        -3, -4, 
        1, 2), nc=2, byrow=TRUE) 
a$height <- c(1, 1.5, 3) # define merge heights 
a$order <- 1:4    # order of leaves(trivial if hand-entered) 
a$labels <- LETTERS[1:4] # labels of leaves 
class(a) <- "hclust"  # make it an hclust object 
plot(a)      # look at the result 

#convert to a dendrogram object if needed 
ad <- as.dendrogram(a) 

Answer 2

完全手册......不建议大数据集。

tree<-list(); 
attributes(tree)<-list(members=18,height=3); 
class(tree)<-"dendrogram"; 

tree[[1]]<-list(); 
attributes(tree[[1]])<-list(members=4,height=2,edgetext="1"); 
tree[[1]][[1]]<-list(); 
attributes(tree[[1]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H"); 
    tree[[1]][[1]][[1]]<-list(); 
    attributes(tree[[1]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="1HH",leaf=TRUE); 
    tree[[1]][[1]][[2]]<-list(); 
    attributes(tree[[1]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="1HT",leaf=TRUE); 
tree[[1]][[2]]<-list(); 
attributes(tree[[1]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T"); 
    tree[[1]][[2]][[1]]<-list(); 
    attributes(tree[[1]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="1TH",leaf=TRUE); 
    tree[[1]][[2]][[2]]<-list(); 
    attributes(tree[[1]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="1TT",leaf=TRUE); 
tree[[2]]<-list(); 
attributes(tree[[2]])<-list(members=2,height=2,edgetext="2"); 
tree[[2]][[1]]<-list(); 
attributes(tree[[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="2H",leaf=TRUE); 
tree[[2]][[2]]<-list(); 
attributes(tree[[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="2T",leaf=TRUE); 
tree[[3]]<-list(); 
attributes(tree[[3]])<-list(members=4,height=2,edgetext="3"); 
tree[[3]][[1]]<-list(); 
attributes(tree[[3]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H"); 
    tree[[3]][[1]][[1]]<-list(); 
    attributes(tree[[3]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="3HH",leaf=TRUE); 
    tree[[3]][[1]][[2]]<-list(); 
    attributes(tree[[3]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="3HT",leaf=TRUE); 
tree[[3]][[2]]<-list(); 
attributes(tree[[3]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T"); 
    tree[[3]][[2]][[1]]<-list(); 
    attributes(tree[[3]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="3TH",leaf=TRUE); 
    tree[[3]][[2]][[2]]<-list(); 
    attributes(tree[[3]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="3TT",leaf=TRUE); 
tree[[4]]<-list(); 
attributes(tree[[4]])<-list(members=2,height=2,edgetext="4"); 
tree[[4]][[1]]<-list(); 
attributes(tree[[4]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="4H",leaf=TRUE); 
tree[[4]][[2]]<-list(); 
attributes(tree[[4]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="4T",leaf=TRUE); 
tree[[5]]<-list(); 
attributes(tree[[5]])<-list(members=4,height=2,edgetext="5"); 
tree[[5]][[1]]<-list(); 
attributes(tree[[5]][[1]])<-list(members=2,height=1,edgetext="H"); 
    tree[[5]][[1]][[1]]<-list(); 
    attributes(tree[[5]][[1]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="5HH",leaf=TRUE); 
    tree[[5]][[1]][[2]]<-list(); 
    attributes(tree[[5]][[1]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="5HT",leaf=TRUE); 
tree[[5]][[2]]<-list(); 
attributes(tree[[5]][[2]])<-list(members=2,height=1,edgetext="T"); 
    tree[[5]][[2]][[1]]<-list(); 
    attributes(tree[[5]][[2]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="5TH",leaf=TRUE); 
    tree[[5]][[2]][[2]]<-list(); 
    attributes(tree[[5]][[2]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="5TT",leaf=TRUE); 
tree[[6]]<-list(); 
attributes(tree[[6]])<-list(members=2,height=2,edgetext="6"); 
tree[[6]][[1]]<-list(); 
attributes(tree[[6]][[1]])<-list(members=1,height=0,edgetext="H",label="6H",leaf=TRUE); 
tree[[6]][[2]]<-list(); 
attributes(tree[[6]][[2]])<-list(members=1,height=0,edgetext="T",label="6T",leaf=TRUE); 


windows(width=3,rescale="fixed"); 
par(ps=8); 
plot(rev(tree),center=TRUE,horiz=TRUE);