cuffdiff 2.2.1带分割错误：11

Question

请给我一些帮助！我一直在为这个问题苦苦挣扎了很长时间。 我的脚本输出：

perfect_match_hit生物信息学$ cuffdiff -L重量，TG -p 20 -o cuffdiffOutputS /usr/local/Mus_musculus_UCSC_mm10/Mus_musculus/UCSC/mm10/Annotation/Genes/genes.gtf \ perfect_hits_WT1 .bam，perfect_hits_WT2.bam \ perfect_hits_tKO1.bam，perfect_hits_tKO2.bam，perfect_hits_tKO3.bam 您正在使用Cufflinks v2.2.1，它是最新版本。

[18:30:07]加载参考注释。

[18:30:13]检查地图和确定片段长度分布。

分段故障：11

我使用袖扣2.2.1，提高1.55.01下自制，OS X 10.10.5和Xcode 7.2。

大部分奇怪的事情是我可以使用cuffdiff，如果我尝试了一个非常小的.bam文件并且没有复制，但是如果我尝试了更大（超过100 MB）或超过1次复制，则不起作用。 我试过升1.58.0,1.59甚至1.60，也是较低版本，失败。 我的电脑内存为16 GB 1600 MHz DDR3。所以我不认为这是记忆能力。

请给我一些想法。现在有点疯狂。谢谢

Answer 1

尝试-p 1，是的，我知道它很慢。

Answer 2

尝试恢复袖扣2.1.1。这解决了程序抛出分割错误的问题，它有两个不同的数据集 - 配对结束和未配对结束。在任何情况下，我现在都不会使用2.2。