R，Knitr和Latex（winedt和RStudio）编译和外化

我不是乳胶新手，而是R，RStudio和Knitr，它们实际上是非常强大的工具。我正在一个合理的大R脚本输出几个图。我的意图是使用Knitr设置latex文档，以便我可以继续使用我的R脚本，并且当我确实想要报告时，我跳转到.rnw并进行编译，并且我确信它会拥有最新生成的数据，因为它会直接读取.r脚本。R，Knitr和Latex（winedt和RStudio）编译和外化

首先，我想问一些关于如何做最佳做法的指导？我一直在考虑## ---- preambule并为每个相关的情节做这件事？一组情节？并在开始时放置一个read_chunk来加载数据并完成所有初步的工作。

让我们说这是一个很好的方式来做我想做的事情，并继续解决我遇到的问题。

我的脚本在R中运行得很好，没有一个警告，但是当read_chunk(file.R)与Echo=TRUE一起被调用时，我看不到相同的输出。首先它通过了PDF，但确实生成了我可以编译的.tex。我看到的输出短得多，好像在某些点停止阅读。

我得到的错误是

processing file: minimal.Rnw 

    |                  
    |                 | 0% 
    |                  
    |.......               | 11% 
    ordinary text without R code 


    |                  
    |..............             | 22% 
label: external-code (with options) 
List of 1 
$ echo: logi FALSE 


    |                  
    |......................           | 33% 
    ordinary text without R code 


    |                  
    |.............................         | 44% 
label: preambule (with options) 
List of 1 
$ echo: logi FALSE 


    |                  
    |....................................        | 56% 
    ordinary text without R code 


    |                  
    |...........................................      | 67% 
label: boring-random 

    |                  
    |...................................................    | 78% 
    ordinary text without R code 


    |                  
    |..........................................................  | 89% 
label: boring-plots (with options) 
List of 3 
$ fig.width : num 4 
$ fig.height: num 4 
$ out.width : chr ".4\\linewidth" 


    |                  
    |.................................................................| 100% 
    inline R code fragments 


output file: minimal.tex 

Error in regexpr("\\.([[:alnum:]]+)$", x) : object 'filename' not found 
Calls: file_ext -> regexpr 
Execution halted

然而，脚本不包含任何幻想。只需在加载数据，创建像SaveImage的一些功能和那种事情......

我有想法在我的脚本是什么使用正则表达式...

也许这是不相关的，但是这是输出我得到的时候echo=TRUE

## Loading required package: methods 
## Loading required package: MASS 
## Loading required package: modeest 
## 
## This is package 'modeest' written by P. PONCET. 
## For a complete list of functions, use 'library(help = "modeest")' or 'help.start()'. 
## 
## Loading required package: car 
## 
## Attaching package: 'lubridate' 
## 
## The following object is masked from 'package:plyr': 
## 
## here

下一行，如果我在输出的RStudio运行相同的块是

Attaching package: ‘lubridate’ 

The following object is masked from ‘package:plyr’: 

    here 

> library(knitr) 
>

我可能没有马上解决这个问题。我所需要做的就是使用Latex设置一个很好的文档，它可以编译我的R脚本中的零碎文件，如果这样做合理，我将编辑它，而不用考虑.tex文档。除了添加正确的标题（## ---- preambule等）。所以总结一下，我不知道正则表达式的问题来自哪里，我仍然创建一个可以编译的.tex，通过这样做，我发现我得到的输出结果不如在R直接运行脚本，就好像它卡在某处...我天真的想法往往会导致图书馆加载问题。

感谢您的帮助，并致以最诚挚的问候。

来源

2015-02-06 homer3018

更新：而不是'read_chunk'我有复制/粘贴完全相同的代码，并尝试'源（）'，我最终与winedt具有相同的regexpr错误，但是.tex再次可以编译。但是，即使是.tex编译，似乎'## ---- section'的执行无法正常工作。如果我通过复制/粘贴实际代码来替换该块，则会生成该图并且一切正常。除了如果我曾经在我的脚本上工作并改变它，我将不得不在我想要的.rnw中再次复制它。 – homer3018 2015-02-06 04:19:32

我得到了使用相同的.rnw文件生成的PDF，但是在RStudio ...因此正则表达式的内容与WinEdt有某种关系。正在取得进展... – homer3018 2015-02-06 04:25:39

即使从你冗长的解释中也无法真正了解你正在做的事情，但是在你提到的那些奇怪的错误的情况下：'traceback（）'可能是你的朋友！ – 2015-02-06 11:22:11

感谢保罗，我有办法做正是我想要的：

我用的第一个块源（file.R）。我用那么read_chunk（file.R）在第二块，并且是给我的可能性利用## ---- portion

然后通过把几个部分无处不在我的[R脚本部分执行脚本，我可以叫部分我想通过用R脚本中的部分名称调用块。希望这是明确的。

然而，这是令人困惑的是，例如fig.width是在英寸和out.width可以在英寸，cm或任何，但必须使用引用.......是一个松散的时间来找到出。

再次感谢保罗，我希望这可以帮助其他用户。

来源

2015-02-13 00:23:33 homer3018

R，Knitr和Latex（winedt和RStudio）编译和外化

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