使用igraph绘制网络时的巨大箭头

Question

编辑 我试图弄清楚我的代码出了什么问题，我开始绘制简单的图形以查看箭头在较小图形上的显示方式。我累了下面的命令：

g2 <- graph(edges=c(1,2, 2,3, 3, 1), n=10) 
plot(g2) 

这是我的图：​​。因此，我认为问题不在于我的代码，而在于使用igraph或R。我重新安装了两者，igraph和R，但它没有解决问题。是否有导致这种情况的软件包冲突？下面是一个点燃的包，我已经安装：

[1] "base"   "boot"   "class"  "cluster"  
[5] "codetools" "colorspace" "compiler"  "datasets"  
[9] "dichromat" "digest"  "doParallel" "foreach"  
[13] "foreign"  "graphics"  "grDevices" "grid"   
[17] "gridBase"  "gtable"  "igraph"  "irlba"  
[21] "iterators" "KernSmooth" "labeling"  "lattice"  
[25] "lazyeval"  "magrittr"  "MASS"   "Matrix"  
[29] "methods"  "mgcv"   "munsell"  "nlme"   
[33] "NMF"   "nnet"   "parallel"  "pkgmaker"  
[37] "plyr"   "RColorBrewer" "Rcpp"   "registry"  
[41] "reshape2"  "rngtools"  "rpart"  "scales"  
[45] "spatial"  "splines"  "stats"  "stats4"  
[49] "stringi"  "stringr"  "survival"  "tcltk"  
[53] "tibble"  "tools"  "utils"  "xtable"  

---

我想产生一个网络的情节，由于某种原因，我在我的箭头模样的小矩形，而不是通常的三角箭头。

这里是我用我的绘图代码：

toy.edges <- na.omit(read.csv("Data/Edge_list-toy.csv", header = TRUE, colClasses = "numeric", na.strings = c("NA", "", "#N/A"))) 
toy.nodes <- na.omit(read.csv("Data/NodesDataF-toy.csv", header = TRUE, na.strings = c("NA", "", "#N/A"))) 
toy.graph <- graph_from_data_frame(toy.edges, directed = TRUE, vertices = toy.nodes) 

V(toy.graph)$color <- "magenta" 
V(toy.graph)$shape <- "sphere" 
V(toy.graph)$size <- 3*15^(ifelse(is.na(V(toy.graph)$node.size), 0.001, 
V(toy.graph)$node.size)) 
plot(toy.graph, layout = layout.fruchterman.reingold(toy.graph), 
    vertex.label=NA, edge.width=E(toy.graph)$weight, 
    edge.arrow.size=0.005, edge.arrow.width=0.0000001) 

而且这里有一个例子情节：

它，当我需要稍微大一点的值edge.arrow.size看起来更糟 和edge.arrow.width。

我的代码有什么问题？它可以与R的版本有关吗？我之前制作了大量的剧情，使用了非常相似的命令，而且我从来没有遇到过问题。

这里是与nodes info和edge list文件。

Answer 1

所以看起来问题在于R如何在我的电脑上显示图形。当我不是直接在控制台上绘制图形，而是将它保存到一个文件中时，一切看起来都很好。下面是我使用，代码的情况下，其他人面临着类似的问题：

png("my-plot.png", width=1200, height=1200) 
par(mar=c(0,0,0,0)) 
plot(mat_gr, layout = layout.auto(mat_gr), vertex.label=NA, 
    edge.width=E(mat_gr)$weight) 
dev.off() 

我知道它并没有解决与显示巨大箭头的问题，但至少它允许产生的节省可用的地块。