检查一个非常大的选项卡分隔的文件的唯一值

我有一个非常大的报告文件，并且我想检查一个名为Sample_id的特定列以获取唯一值。我的数据如下所示：检查一个非常大的选项卡分隔的文件的唯一值

[1] "[Header]"                    
[2] "GSGT Version\t1.9.4"                  
[3] "Processing Date\t7/6/2012 11:41 AM"              
[4] "Content\t\tGS0005701-OPA.opa\tGS0005702-OPA.opa\tGS0005703-OPA.opa\tGS0005704-OPA.opa"  
[5] "Num SNPs\t5858"                   
[6] "Total SNPs\t5858"                   
[7] "Num Samples\t132"                   
[8] "Total Samples\t132"                  
[9] "[Data]"                     
[10] "SNP Name\tSample ID\tGC Score\tAllele1 - AB\tAllele2 - AB\tChr\tPosition\tGT Score\tX Raw\tY Raw" 
[11] "rs1867749\t106N\t0.8333\tB\tB\t2\t120109057\t0.8333\t301\t378"         
[12] "rs1397354\t106N\t0.6461\tA\tB\t2\t215118936\t0.6461\t341\t192"         
[13] "rs2840531\t106N\t0.5922\tB\tB\t1\t2155821\t0.6091\t296\t391"          
[14] "rs649593\t106N\t0.8709\tA\tB\t1\t37635225\t0.8709\t357\t200"          
[15] "rs1517342\t106N\t0.4839\tA\tB\t2\t169218217\t0.4839\t316\t210"         
[16] "rs1517343\t106N\t0.5980\tA\tB\t2\t169218519\t0.5980\t312\t165"         
[17] "rs1868071\t106N\t0.5518\tA\tB\t2\t30219358\t0.5518\t355\t229"          
[18] "rs761162\t106N\t0.6923\tA\tB\t1\t13733834\t0.6923\t315\t257"          
[19] "rs911903\t106N\t0.6053\tA\tA\t1\t46982589\t0.6096\t383\t158"          
[20] "rs753646\t106N\t0.6676\tA\tB\t1\t208765509\t0.6688\t341\t169"

所以我的问题是如何检查列Sample_ID与R.独特的价值，我已经知道它与unique的东西，但如何与制表符分隔的文件，采取正确的列？

来源

2012-07-06 Sanshine

你可以在下一次发布dput（）的字符向量的输出吗？我最终得到了一份忠实的副本，但这有点麻烦。 – 2012-07-06 12:38:21

第一读取文件：

sample_data <- read.table(file = "filename", sep = "\t", skip = 9, header = TRUE)

然后做（列名中的空格被自动转换为点）

unique(sample_data[, "Sample.ID"])

来源

2012-07-06 11:56:23 nassimhddd

正确，除了字段名称。应该是列号或“Sample.ID”。默认情况下，R使用read.table和派生函数在输入期间更改名称不正确的列的名称。有关详细信息，请参阅make.names。 – 2012-07-06 12:02:54

感谢您的好答复！ – Sanshine 2012-07-06 12:06:22

我只是测试它，并找到另一个需要更正。还需要添加标题= TRUE – 2012-07-06 12:14:45

如果数据是在R对象，说这是一个名为“线“，那么您需要将cafe876提供的显示解决方案应用于textConnection调用，或者使用在最近版本中添加到R中的text =参数：

samp_dat <- read.table(file = textConnection(Lines), sep = "\t", skip = 9, header=TRUE)

OR：

samp_dat < - 函数read.table（文本=行，九月= “\ t” 的，则跳过= 9，标题= TRUE）

这里的一个测试例：

Lines <- 
c("[Header]                    ", 
"GSGT Version\t1.9.4                  ", 
"Processing Date\t7/6/2012 11:41 AM              ", 
"Content\t\tGS0005701-OPA.opa\tGS0005702-OPA.opa\tGS0005703-OPA.opa\tGS0005704-OPA.opa  ", 
"Num SNPs\t5858                   ", 
"Total SNPs\t5858                  ", 
"Num Samples\t132                  ", 
"Total Samples\t132                  ", 
"[Data]                     ", 
"SNP Name\tSample ID\tGC Score\tAllele1 - AB\tAllele2 - AB\tChr\tPosition\tGT Score\tX Raw\tY Raw", 
"rs1867749\t106N\t0.8333\tB\tB\t2\t120109057\t0.8333\t301\t378         ", 
"rs1397354\t106N\t0.6461\tA\tB\t2\t215118936\t0.6461\t341\t192         ", 
"rs2840531\t106N\t0.5922\tB\tB\t1\t2155821\t0.6091\t296\t391          ", 
"rs649593\t106N\t0.8709\tA\tB\t1\t37635225\t0.8709\t357\t200" 
)

来源

2012-07-06 12:18:36

检查一个非常大的选项卡分隔的文件的唯一值

回答

相关问题