在本文中,我最近碰到一个漂亮的5套维恩图来:好看的五套维恩图
我在想,可能是用什么软件来画这个?这可以在R中完成吗?
大多数我看着包似乎产生较少的清晰版
有什么想法?
编辑:似乎使用本网站的工具性质的文章: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 仍然可能是不错的它移植到一些[R包,尤其是不对称Venns,这是目前不在,我知道任何封装
在本文中,我最近碰到一个漂亮的5套维恩图来:好看的五套维恩图
我在想,可能是用什么软件来画这个?这可以在R中完成吗?
大多数我看着包似乎产生较少的清晰版
有什么想法?
编辑:似乎使用本网站的工具性质的文章: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ 仍然可能是不错的它移植到一些[R包,尤其是不对称Venns,这是目前不在,我知道任何封装
我还在根特生物信息学大学网站上使用了在线维恩图发生器,并且想要我自己的功能。当然,想法是让每个交叉区域的大小合理,以便计数的文本都可以是相同的大小。这里是我的尝试:
fiveCellVenn <- function(colorList=col2rgb(rainbow(5)),
cellCounts=seq(1,31,1),
cellLabels=c("one","two","three","four","five"),
saturation=.25){
rotateVec <-function(vec,amount){
return(c(vec[(amount+1):length(vec)], vec[1:amount]))
}
n=70
xhull <- c()
yhull <- c()
for (i in 1:n){
xhull <- c(xhull, cos((i*2*pi)/n))
yhull <- c(yhull, sin((i*2*pi)/n))
}
## The Venn cells begin as a 70-sided regular polygon
## plot(xhull, yhull)
## polygon(xhull, yhull)
## Multiply each unit vector in the hull by a scalar, arrived at by
## iterative adjustment.
adjust <-c(10,10.35,10.6,10.5,10.4,10.3,10.1,9.6,9,8.5,
8,7.625,7.25,7.125,7,6.875,6.75,6.875,7,7.125,
7.25,7.625,8.1,9.125,10.25,11.375,12.5,13.15,13.8,14.3,
14.6,14.725,14.7,14.7,14.7,14.4,14.1,13.8,13.5,12.8,
12.1,11.15,10.2,9.6,8.95,8.3,7.7,7,6.25,5.6,
5,4.75,4.5,4.25,4,3.8,3.6,3.45,3.45,3.45,
3.5,3.625,3.75,3.825,4,4.25,4.5,5.75,7.25,8.5)
newxhull <- xhull*adjust
newyhull <- yhull*adjust
## Text location was also done by hand:
textLocationX <- c(-13,-3,8,9,-4,-7.5,7.5,-9,-8,4,6.5,-2,9,-4,1.4,4,-7.5,-3.5,7.5,-6,-6.5,6,1.5,4,-0.5,4.5,0,-5,-3.5,3.5,0)
textLocationY <- c(1,12,8,-8,-12,6.5,4.5,1,-4,8.5,-6,8.5,-1.5,-8,-9,5,3.5,6,1.5,-6,-1.5,-2,8,-7,-6.5,2,5.5,2,-3.5,-4,0)
textLocationMatrix <- matrix(cbind(textLocationX,textLocationY),nrow=31,ncol=2)
plot(newxhull, newyhull, pch=".", xlim=c(-16,16), ylim=c(-16,16),
axes=FALSE,xlab="",ylab="")
newAdjust<-adjust
for (i in 1:5){
newxhull <- xhull*newAdjust
newyhull <- yhull*newAdjust
polygon(newxhull, newyhull,
border=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255, 1),
lwd=2,
col=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255,saturation))
newAdjust <- rotateVec(newAdjust,14)
}
text(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2],labels=as.character(cellCounts))
text(textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),1]*c(2,1.25,1.5,2,2),
textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),2]*c(2,1.35,1.5,2,2),
labels=cellLabels)
## uncomment and run to get points and grid for adjusting text location
## points(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2])
## for (i in -16:16){
## if (i%%5==0){
## color="black"
## }else{
## color="lightblue"
## }
## abline(v=i,col=color)
## abline(h=i, col=color)
## }
}
然后
fiveCellVenn()
产生类似你的第一个维恩。我没有代表发布图片。您可能想要制作颜色并移动单元格名称。
非常好!非常感谢这 - 看起来非常出色!你也可以考虑平滑多边形,让它们看起来更漂亮,如http://gis.stackexchange.com/questions/24827/how-to-smooth-the-polygons-in-a-contour-map/24929 #24929可以很好地概括其他nrs的集合。也许联系一个venn图R包 - 他们可能有兴趣包括这一个! –
与上面链接中的spline.poly()函数一起沿着plot(newxhull,newyhull)的行;多边形(spline.poly(as.data.frame(list(x = newxhull,y = newyhull))[ - seq(1,length(newxhull),by = 2),],100,k = 3))用于平滑多边形一点 –
你检查在[有R维恩图]包(http://stackoverflow.com/questions/1428946/venn-diagrams-with-r?rq=1)? –
是的,我尝试了所有这些!但他们只能在底部产生无花果,而不是顶部!还有一些限制在4台以下... –