如何使用R来搜索pubmed，尽可能使用Ruby？

ncbi.esearch_count

我想知道如何使用R（通过也许Rcurl，或其他库（XML）函数）来完成？

谢谢。

2010-10-30 Tal Galili

Ruby函数是BioRuby库的一部分，它提供了围绕NCBI EUtils的包装。 R Bioconductor邮件列表中有一些brief discussion关于R的包装，但我认为它不在任何地方。

根据您的建议，可以使用使用RCurl和XML的EUtils。您构建正确的查询URL，使用RCurl获取结果并使用XML进行分析。我建议阅读第二个链接中的文档以获取有关URL的详细信息;这并不是很困难。但是，我认为不存在与BioRuby非常有用的esearch_count（）相当的纯EUtils。

编辑：可能是错误的最后一点，有EGQuery。

2010-10-30 11:03:35 neilfws

您好Neilfws，感谢您的答复。我看到您提供的链接中的链接已损坏。我找不到那里提到的包裹 - 你碰巧知道在哪里找到它？ – 2010-10-30 11:24:16

我也看到了 - 这就是为什么我怀疑它没有得到进一步发展。这里似乎有一些代码 - http://sites.google.com/site/gregorgorjanc/software - 但它的日期是2006年，并被描述为“概念验证”。 – neilfws 2010-10-30 13:07:49

有趣。看起来格里高尔已经在R-bloggers.com上有一个博客。我只是给他发了电子邮件，我希望他可能愿意/能够帮助。 – 2010-10-30 14:38:24

有一篇由Duncan Temple Lang发表的文章，可以说是R Web Services的院长，显然这个文章的目的是为了统计软件杂志说明访问PubMed和RCurl。我只能在Omegahat网站找到它：

2010-11-01 13:34:18

奇妙的链接 - 它只说明如何使用cookie登录，但仍然是宝石。谢谢迪宁！ – 2010-11-01 16:19:28

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